1bil

CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON THE BINDING MODES OF P2-P3 BUTANEDIAMIDE RENIN INHIBITORS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

Homo sapiens

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 70–406 链 B; UniProt 70–406 未记录 0IU (2S)-2-[(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)methyl]-N~1~-[(1S,2R,3R)-1-(cyclohexylmethyl)-2,3-dihydroxy-5-methylhexyl]-N~4~-[2-(d imethylamino)-2-oxoethyl]-N~4~-[(1S)-1-phenylethyl]butanediamide × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、229 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–337; UniProt 70–406 作者链 B; PDB构建体 1–337; UniProt 70–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bil

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bil
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bil
沉积日期 deposition_date1995-09-27
结构标题 titleCRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON THE BINDING MODES OF P2-P3 BUTANEDIAMIDE RENIN INHIBITORS
关键词 keywords;ASPARTIC PROTEINASE, Aspartyl protease, Cleavage on pair of basic residues, Disease mutation, Disulfide bond, Glycoprotein, Hydrolase, Membrane, Protease, Secreted, Zymogen, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.32
零角强度 I(0) i0164666000.00
分子量 molecular_weight68927.0 kDa
排除体积 excluded_volume67168 ų
包络体积 envelope_volume110000 ų
水化壳体积 shell_volume33692 ų
包络直径 envelope_diameter92.0
壳层 Rg shell_rg34.48
包络 Rg envelope_rg27.25
形状 Rg shape_rg27.29
总 Rg total_rg27.91
总原子数 total_atoms5215
残基数 n_residues667
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.0
Rg (实空间) rg_real28.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real1.6470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal164700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9032
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5
偏度 Skewness skewness0.314
峰度 Kurtosis kurtosis-0.485
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26620000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.905

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1bila_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd1bilb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1bilA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id1bilA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id1bilB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id1bilB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)