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HIV-1 INTEGRASE CORE DOMAIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 INTEGRASE

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q76353

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 762–927 链 B； UniProt 762–927 片段：CORE DOMAIN, RESIDUES 54 - 212 突变：C56S, F185K CAC CACODYLATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 100 MM HEPES, PH 7.0, 5 MM DTT 分辨率 1.95 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BIZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HYV HIV INTEGRASE CORE DOMAIN COMPLEXED WITH TETRAPHENYL ARSONIUM 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC CORE DOMAIN (RESIDUES 50-212)
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 TTA TETRAPHENYL-ARSONIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG8000, NH4SO4, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.263
1HYZ HIV INTEGRASE CORE DOMAIN COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF TETRAPHENYL ARSONIUM. 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC CORE DOMAIN (RESIDUES 50-212)
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 TTO (3,4-DIHYDROXY-PHENYL)-TRIPHENYL-ARSONIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG8000, NH4SO4, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.291
1QS4 Core domain of HIV-1 integrase complexed with Mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2H-tetrazol-5-yl)-propenone 提交 1999-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 771–924（154 aa） 片段：Catalytic core domain
链 B 771–924（154 aa） 片段：Catalytic core domain
突变：F185K, W131E 突变：F185K, W131E MG MAGNESIUM ION × 2 100 1-(5-CHLOROINDOL-3-YL)-3-HYDROXY-3-(2H-TETRAZOL-5-YL)-PROPENONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；30% PEG 4000, 100 MM HEPES, 5 MM MGCL2, 5 MM DTT, 1% GLYCEROL, pH 7.00
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1QS4 Core domain of HIV-1 integrase complexed with Mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2H-tetrazol-5-yl)-propenone 提交 1999-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 771–924（154 aa） 片段：Catalytic core domain
突变：F185K, W131E MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；30% PEG 4000, 100 MM HEPES, 5 MM MGCL2, 5 MM DTT, 1% GLYCEROL, pH 7.00
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
3LPT HIV integrase 提交 2010-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：HIV integrase core domain
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 723 (6-chloro-2-oxo-4-phenyl-1,2-dihydroquinolin-3-yl)acetic acid × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 P03 2-[3-[3-(2-hydroxyethoxy)propoxy]propoxy]ethanol × 2 SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 0.1M (NH4)2SO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.272
3LPU HIV integrase 提交 2010-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：HIV integrase core domain
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 976 (2S)-2-(6-chloro-2-methyl-4-phenylquinolin-3-yl)pentanoic acid × 2 P03 2-[3-[3-(2-hydroxyethoxy)propoxy]propoxy]ethanol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 0.1M (NH4)2SO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.221
3NF6 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 IMV 5-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
3NF7 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, UNP residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, UNP residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 10 ACY ACETIC ACID × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CIW 5-[(5-chloro-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.207
3NF8 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 6 CDQ 6-[(5-chloro-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 6 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.198
3NF9 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 11 CD9 5-[(6-chloro-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACY ACETIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.208
3NFA Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 8 CBJ 6-[(5-bromo-2,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 4 ACY ACETIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.204
3ZCM Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design. 提交 2012-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 PX3 5-[[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl-prop-2-enyl-amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
3ZSO Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACY ACETIC ACID × 4 NA SODIUM ION × 2 O2N 5-{[(2-{[bis(4-methoxyphenyl)methyl]carbamoyl}benzyl)(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；1.7 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.209
3ZSQ Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 3 O4N 5-[[[2-[[(1S)-1-(4-METHOXYPHENYL)BUTYL]CARBAMOYL]PHENYL]METHYL-PROP-2-ENYL-AMINO]METHYL]-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
3ZSR Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 O3N (2S)-2-(2-carboxyethyl)-6-{[{2-[(cyclohexylmethyl)carbamoyl]benzyl}(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40MM TRIS PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
3ZSV Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 ZSV (R)-[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl-[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.198
3ZSW Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES THR THREONINE × 2 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZSW (R)-[2-[[(2R)-butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl-[[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
3ZSX Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 N44 5-({[2-(benzylcarbamoyl)benzyl](prop-2-en-1-yl)amino}methyl)-1,3-benzodioxole-4-carboxylate × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.228
3ZSY Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 OM3 (R)-(4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-(CYCLOHEXYLMETHYLCARBAMOYL)PHENYL]METHYL]-METHYL-AZANIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
3ZSZ Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 5 OM2 (R)-[2-[[(2S)-BUTAN-2-YL]CARBAMOYL]PHENYL]METHYL-[(4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL]-METHYL-AZANIUM × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
3ZT0 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ZT0 (4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)-N-{2-[(4-METHOXYBENZYL)CARBAMOYL]BENZYL}-N-METHYLMETHANAMINIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.240
3ZT1 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 OM1 (4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-[(4-METHOXYPHENYL)METHYLCARBAMOYL]PHENYL]METHYL]AZANIUM × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 4 0MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.199
3ZT2 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 ZT2 5-[(E)-(2-OXO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YLIDENE)METHYL]-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40MM TRIS PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
3ZT3 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZT4 5-{(E)-[(2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YLIDENE]METHYL}-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40MM TRIS PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.216
3ZT4 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZT2 5-[(E)-(2-OXO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YLIDENE)METHYL]-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.20 Å R-free 0.229
4CE9 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 O3N (2S)-2-(2-carboxyethyl)-6-{[{2-[(cyclohexylmethyl)carbamoyl]benzyl}(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.10 Å R-free 0.213
4CEA Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZSW (R)-[2-[[(2R)-butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl-[[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4CEB Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 ZSV (R)-[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl-[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.198
4CEC Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 2SS (2S)-6-[[[2-(cyclobutylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-prop-2-enyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.195
4CED Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 9NS (2S)-6-[[[2-(furan-2-ylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-prop-2-enyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.194
4CEE Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 B0T (2S)-6-[[[2-[[(2S)-butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.201
4CEF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 D0T (2S)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[[methyl-[[2-[(phenylmethyl)carbamoyl]phenyl]methyl]amino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
4CEO Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 G0T (2S)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.195
4CEQ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 QCH (2S)-6-[[[2-(cyclohexylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.198
4CER Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 VL4 (2S)-6-[[[2-(cyclobutylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.201
4CES Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 NFW (2S)-6-[[[2-(furan-2-ylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.85 Å R-free 0.197
4CEZ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 O3N (2S)-2-(2-carboxyethyl)-6-{[{2-[(cyclohexylmethyl)carbamoyl]benzyl}(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
4CF0 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 O5U (2R)-6-[[(1R,2S)-2-(6-azanylhexanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.85 Å R-free 0.225
4CF1 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 3 IY7 (2s)-6-[[(1r,2s)-2-(5-azanylpentanoylamino)-2,3-dihydro-1h-inden-1-yl]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4CF2 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 3GM (2s)-6-[[(1r,2s)-2-(4-azanylbutanoylamino)-2,3-dihydro-1h-inden-1-yl]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
4CF8 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 V7H (2S)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[[[2-[(phenylmethyl)carbamoyl]phenyl]methylamino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.65 Å R-free 0.196
4CF9 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 5EY (3R)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[(E)-[(2R)-2-oxidanyl-2,3-dihydroinden-1-ylidene]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 EE2 (2R)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[(E)-[(2S)-2-oxidanyl-2,3-dihydroinden-1-ylidene]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.10 Å R-free 0.199
4CFA Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 WOP 5-[[methyl-[[(1S)-2-oxidanylidene-1-phenyl-2-[(phenylmethyl)amino]ethyl]carbamoyl]amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.215
4CFB Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 5 OM3 (R)-(4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-(CYCLOHEXYLMETHYLCARBAMOYL)PHENYL]METHYL]-METHYL-AZANIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.219
4CFC Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 7NV 5-[[[(1S)-2-(butylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]carbamoyl-methyl-amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4CFD Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 S8Y 5-[[[(1R)-2-(tert-butylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]carbamoyl-methyl-amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.15 Å R-free 0.237
4CGD Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 8P3 2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
4CGF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 UJ6 5-{[(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]methyl}-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.230
4CGG Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K5Q (2S)-6-[(E)-[(2E)-2-hydroxyimino-3H-inden-1-ylidene]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.199
4CGH Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 ACY ACETIC ACID × 2 LOZ 5-[[(1S,2R)-2-(4-azanylbutanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.76 Å R-free 0.203
4CGI Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 NZL 5-[[(1S,2S)-2-(6-azanylhexanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.07 Å R-free 0.211
4CGJ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 2 NZL 5-[[(1S,2S)-2-(6-azanylhexanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.15 Å R-free 0.200
4CHN Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 ONZ 2-(1,3-benzodioxol-4-ylcarbonylamino)ethanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.194
4CHO Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 2 U2Z [1-[2-(aminomethyl)phenyl]-5-methyl-pyrazol-3-yl]methanol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.198
4CHP Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 IMV 5-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.198
4CHQ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ACT ACETATE ION × 2 CWU 5-[[(1S,2R)-2-oxidanyl-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.203
4CHY Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACY ACETIC ACID × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 C5Q 5-(1H-indol-3-ylmethyl)-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.227
4CHZ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 H75 2-(4-bromophenyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3(2H)-one × 1 LYS LYSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
4CIF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 JDX 2-methoxy-6-[[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.191
4CIG Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 8 X0P 2-methoxy-6-[[[3-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]naphthalen-2-yl]methyl-methyl-amino]methyl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.188
4CJ3 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 E4F 5-[[(1R,2S)-2-(5-azanylpentanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.212
4CJ4 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 S3G 5-[(2S)-4-methyl-2-[(pyridin-4-ylcarbonylamino)methyl]pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
4CJ5 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 4VW 5-[(2S)-2-[[(4-aminophenyl)carbonylamino]methyl]-4-methyl-pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.201
4CJE Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 Q31 5-[(2S)-2-[[2-(1H-imidazol-4-yl)ethanoylamino]methyl]-4-methyl-pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.195
4CJF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ACT ACETATE ION × 5 RVN 5-[(E)-(2-oxidanylidene-1H-indol-3-ylidene)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4CJK Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 H39 5-[(2S)-4-methyl-2-{[(1H-pyrrol-3-ylacetyl)amino]methyl}pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.193
4CJL Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 9PA 5-[(2S)-2-{[(5-aminopentanoyl)amino]methyl}-4-methylpentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.77 Å R-free 0.229
4CJP Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2 4D2 5-[(2S)-4-methyl-2-[(pyridin-3-ylcarbonylamino)methyl]pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.195
4CJQ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 ACT ACETATE ION × 3 VXO 5-[(2S)-2-[[2-(1H-indol-3-yl)ethanoylamino]methyl]-4-methyl-pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.201
4CJR Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 9 CL CHLORIDE ION × 1 FYM 2-methoxy-6-[[[6-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]-1,3-benzodioxol-5-yl]methyl-methyl-amino]methyl]benzoic acid × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
4CJS Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 L0Y 6-[[[2-(cyclohexylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.190
4CJT Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 HLR 1,2-benzoxazol-3-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.71 Å R-free 0.194
4CJU Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 5 JNS 5-[(Z)-2-phenylethenyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.199
4CJV Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 IV2 5-chloranyl-4-methyl-1,3-benzothiazol-2-amine × 2 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.208
4CJW Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 4 CBJ 6-[(5-bromo-2,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.197
4CK1 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 2 OM1 (4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-[(4-METHOXYPHENYL)METHYLCARBAMOYL]PHENYL]METHYL]AZANIUM × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.185
4CK2 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 NVU 2-(1,2-benzoxazol-3-yl)ethanoic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.85 Å R-free 0.211
4CK3 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 ACT ACETATE ION × 4 K1T 5-[(2S)-2-{[(4-aminobutanoyl)amino]methyl}-4-methylpentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.79 Å R-free 0.212
4OVL Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
链 B 50–212（163 aa）
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H SO4 SULFATE ION × 6 ACY ACETIC ACID × 7 1TD 3-[(E)-(2-oxidanylidene-1H-indol-3-ylidene)methyl]benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 mM TRIS PH 8.0, 250 mM NACL, 30 mM MGCL2, 5 mM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 mM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4Y1C Cyclic hexapeptide cyc[NdPopPKID] in complex with HIV-1 integrase core domain 提交 2015-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：residues 50-212
突变：C56S, W131D, F139D, F185H 突变：C56S, W131D, F139D, F185H CD CADMIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.15M SODIUM REMARK 280 CITRATE, 5MM CADMIUM CHLORIDE, PH 4.6
分辨率 2.30 Å R-free 0.295
5KGW HIV1 catalytic core domain in complex with inhibitor: (2~{S})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{H}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid 提交 2016-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 7SK (2S)-tert-butoxy[3-(3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)-1-methyl-1H-indol-2-yl]acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；8%PEG 8K .1M Ammonium Sulfate .1M Na-cacodylate pH 6.5 5mM DTT
分辨率 2.34 Å R-free 0.241
5KGX HIV1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{S})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{H}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid 提交 2016-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 7SK (2S)-tert-butoxy[3-(3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)-1-methyl-1H-indol-2-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；8%PEG 8K .1M Ammonium Sulfate .1M Na-cacodylate 5mM DTT
分辨率 2.67 Å R-free 0.244
5KRS HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain in Complex with an Allosteric Inhibitor, 3-(1H-pyrrol-1-yl)-2-thiophenecarboxylic acid 提交 2016-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 57–207（151 aa）
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 6XI 3-pyrrol-1-ylthiophene-2-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1 mM manganese chloride, 100 mM MES pH 6.7, 10% (w/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.70 Å R-free 0.186
5KRT HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) in Complex with a Fragment-Derived Allosteric Inhibitor 提交 2016-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–207（151 aa） 片段：unp residues 57-207
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6W6 3-[2,5-bis(chloranyl)pyrrol-1-yl]thiophene-2-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1 mM manganese chloride, 100 mM MES pH 6.7, 10% (w/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.65 Å R-free 0.195
6L0C Crystal structure of HIV-1 Integrase catalytic core domain (A128T/K173Q/F185K) 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
突变：A128T, K173Q, F185K SO4 SULFATE ION × 8 ARS ARSENIC × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 KLQ Bictegravir × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6U8Q CryoEM structure of HIV-1 cleaved synaptic complex (CSC) intasome 提交 2019-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
链 I 1–288（288 aa）
链 J 1–288（288 aa）
链 K 1–288（288 aa）
链 L 1–288（288 aa）
链 M 1–288（288 aa）
链 N 1–288（288 aa）
链 O 1–288（288 aa）
链 P 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.67 Å
6UM8 HIV Integrase in complex with Compound-14 提交 2019-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–212（156 aa）
链 B 57–212（156 aa）
未记录 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 QCG (2S)-tert-butoxy[7-(8-fluoro-5-methyl-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)-5-methyl-2-phenylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate and 100 mM citric acid pH 3.5
分辨率 2.33 Å R-free 0.220
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6VQS HIV Integrase Core domain (IN) in complex with [5-(3-fluorophenyl)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid 提交 2020-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：core domain (UNP residues 50-212)
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 IOD IODIDE ION × 8 R7J [5-(3-fluorophenyl)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 2.38 Å R-free 0.269
7L1P HIV Integrase Core domain (IN) in complex with dimer-spanning ligand 提交 2020-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：UNP residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：UNP residues 50-212
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） R2A (2-{[3-(4-{2-[(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzene-1-carbonyl)amino]ethyl}piperazine-1-carbonyl)phenyl]ethynyl}-5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid × 1 IOD IODIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 1.85 Å R-free 0.284
7L23 HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-(5-(3-fluorophenyl)-2-(2-(thiophen-2-yl)ethynyl)-1- benzofuran-3-yl)ethanoic acid 提交 2020-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–206（150 aa） 片段：UNP residues 57-206
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 IOD IODIDE ION × 10 XFS 3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 2.26 Å R-free 0.280
7LQP Rapid development of potent inhibitors of the HIV integrase-LEDGF interaction by fragment-linking using off-rate screening 提交 2021-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–212（156 aa） 片段：core domain (UNP residues 57-212)
链 B 57–212（156 aa） 片段：core domain (UNP residues 57-212)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IOD IODIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 12 YAV 2-[2-[2-[3-[2-[2-[2-[[3-[2-[3-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl]phenyl]carbonylamino]ethoxy]ethoxy]ethylcarbamoyl]phenyl]ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl]ethanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium iodide
分辨率 2.07 Å R-free 0.239
7RQ0 HIV Integrase CORE domain in complex with 2-{2-[2-(3-{[4-(2-{[(3-{2-[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)methyl]amino}ethyl)piperazin-1-yl]methyl}phenyl)ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl}acetic acid 提交 2021-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CORE domain (UNP residues 50-212)
链 B 50–212（163 aa） 片段：CORE domain (UNP residues 50-212)
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 IOD IODIDE ION × 5 6I2 {2-[(3-{[4-(2-{[(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)methyl]amino}ethyl)piperazin-1-yl]methyl}phenyl)ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl}acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, pH 7.0, 100 mM potassium iodide
分辨率 1.95 Å R-free 0.270
7SIA HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-[2-(2-{3-[(4-{2-[(3-{2-[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)formamido]ethyl}piperazin-1-yl)methyl]phenyl}ethynyl)-5-methyl-1-benzofuran-3-yl]acetic acid 提交 2021-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：core domain (UNP residues 50-212)
链 B 50–212（163 aa） 片段：core domain (UNP residues 50-212)
未记录 9I4 (2-{[3-({4-[2-(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzamido)ethyl]piperazin-1-yl}methyl)phenyl]ethynyl}-5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid × 1 IOD IODIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 1.85 Å R-free 0.264
7T9H HIV Integrase in complex with Compound-15 提交 2021-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–212（166 aa）
链 B 47–212（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GE7 (2S)-tert-butoxy[2-methyl-4-(4-methylphenyl)quinolin-3-yl]acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.6%(w/v) PEG 3350, 261 mM ammonium acetate, 0.81% glycerol(v/v), 91 mM magnesium chloride and 100 mM MES pH 6.0
分辨率 2.53 Å R-free 0.273
7T9O HIV Integrase in complex with Compound-25 提交 2021-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–209（163 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 GEI (2S)-tert-butoxy[4-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-5-{4-[2-(4-fluorophenyl)ethoxy]phenyl}-2,6-dimethylpyridin-3-yl]acetic acid × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.6%(w/v) PEG 3350, 261 mM ammonium acetate, 0.81% glycerol(v/v), 91 mM magnesium chloride and 100 mM MES pH 6.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.219
7U2U CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH Compound-2a AKA (2S)-2-(TERT-BUTOXY)-2-[7-(4,4-DIMETHYLPIPE RIDIN-1-YL)-8-{4-[2-(4-FLUOROPHENYL)ETHOXY]PHENYL}-2,5-DIM ETHYLIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-6-YL]ACETIC ACID 提交 2022-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–209（160 aa）
未记录 KZD (2S)-tert-butoxy[(4S)-7-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-8-{4-[2-(4-fluorophenyl)ethoxy]phenyl}-2,5-dimethylimidazo[1,2-a]pyridin-6-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2-0.18M Ammonium Sulfate, 100mM Na acetate pH 4.6-5.0
分辨率 1.84 Å R-free 0.211
7UOQ CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH (2S)-2-(TERT-BUTOXY)-2-(5-{2-[(2-CHLORO-6-M ETHYLPHENYL)METHYL]-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-6-YL}-4- (4,4-DIMETHYLPIPERIDIN-1-YL)-2-METHYLPYRIDIN-3-YL)ACETIC ACID 提交 2022-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–209（160 aa）
突变：C56S, F139D, F185H O20 (2S)-tert-butoxy[(5M)-5-{2-[(2-chloro-6-methylphenyl)methyl]-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-yl}-4-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-2-methylpyridin-3-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2-0.18M Ammonium Sulfate, 100mM Na acetate
分辨率 1.89 Å R-free 0.224
8D3S HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain F185H Mutant Complexed with BKC-110 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 50–212（163 aa）
突变：F185H QD6 (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 10% PEG8000, 5 mM DTT
分辨率 1.84 Å R-free 0.274
8S9Q HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) F185H Mutant Complexed with STP03-0404 提交 2023-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
未记录 WBV (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,3,6-trimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate (pH = 6.5), 10% PEG 8000, 5 mM DTT
分辨率 2.26 Å R-free 0.293

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UniProt名称 Q76353_9HIV1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–166； UniProt 762–927 作者链 B； PDB构建体 1–166； UniProt 762–927

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1biz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1biz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1biz
沉积日期 deposition_date1998-06-21
结构标题 titleHIV-1 INTEGRASE CORE DOMAIN
关键词 keywordsDNA INTEGRATION, INTEGRASE, HIV, HYDROLASE, ASPARTYL PROTEASE, ENDONUCLEASE; DNA INTEGRATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.99 Å
零角强度 I(0) i017618400.00
分子量 molecular_weight31680.0 kDa
排除体积 excluded_volume39626 ų
包络体积 envelope_volume46115 ų
水化壳体积 shell_volume20730 ų
包络直径 envelope_diameter59.6 Å
壳层 Rg shell_rg24.91 Å
包络 Rg envelope_rg18.26 Å
形状 Rg shape_rg17.98 Å
总 Rg total_rg19.01 Å
总原子数 total_atoms2216
残基数 n_residues290
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8970
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.4 Å
偏度 Skewness skewness0.004
峰度 Kurtosis kurtosis-0.525
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha6898000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1biza_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1bizb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.2 — Retroviral integrase, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bizA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1bizB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)