SAXSdb — 1bj6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOCAPSID PROTEIN 7

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 390–430	片段：RESIDUES 12-53	;DNA (5'-D(APCPGPCP*C)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW SALT CONDITIONS；压力 1 NMR样品组成：WATER	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q74084_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–42； UniProt 390–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bj6
沉积日期 deposition_date	1998-07-03
结构标题 title	1H NMR OF (12-53) NCP7/D(ACGCC) COMPLEX, 10 STRUCTURES
关键词 keywords	COMPLEX (NUCLEOCAPSID PROTEIN-DNA), NUCLEIC ACID, RETROVIRUS, VIRUS MORPHOGENESIS, ZINC FINGER, Viral protein-DNA COMPLEX; Viral protein/DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.28 Å
零角强度 I(0) i0	100534000.00
分子量 molecular_weight	64134.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72397 Å³
包络体积 envelope_volume	14427 Å³
水化壳体积 shell_volume	9750 Å³
包络直径 envelope_diameter	46.5 Å
壳层 Rg shell_rg	18.31 Å
包络 Rg envelope_rg	13.57 Å
形状 Rg shape_rg	11.28 Å
总 Rg total_rg	11.56 Å
总原子数 total_atoms	8100
残基数 n_residues	470
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	41.3 Å
Rg (实空间) rg_real	11.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7681
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	12.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.248
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	71590.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPGPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	1465.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	8100

ACGCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NUCLEOCAPSID PROTEIN 7
分子量 formula_weight	4837.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

NVKCFNCGKEGHTARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bj6a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.40 — Retrovirus zinc finger-like domains
超家族 Superfamily superfamily	g.40.1 — Retrovirus zinc finger-like domains
家族 Family family	g.40.1.1 — Retrovirus zinc finger-like domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bj6A00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc finger, CCHC-type

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/bj/1bj6/1bj6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bj/1bj6/1bj6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bj/1bj6/1bj6.dat

1H NMR OF (12-53) NCP7/D(ACGCC) COMPLEX, 10 STRUCTURES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOCAPSID PROTEIN 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)