SAXSdb — 1bjj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AGKISTRODOTOXIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
10	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–122 链 C； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
7	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–122 链 D； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
8	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–122 链 E； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
9	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–122 链 F； UniProt 1–122	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BJJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–122（122 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–122（122 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–122（122 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–122（122 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1A2A AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1997-12-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285

共 1 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA23_AGKHP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 E； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 F； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bjj
沉积日期 deposition_date	1998-06-25
结构标题 title	AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS
关键词 keywords	PRESYNAPTIC NEUROTOXIN, PHOSPHOLIPASE A2, HYDROLASE; PRESYNAPTIC NEUROTOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.82 Å
零角强度 I(0) i0	132664000.00
分子量 molecular_weight	84295.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102320 Å³
包络体积 envelope_volume	138330 Å³
水化壳体积 shell_volume	38041 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.41 Å
包络 Rg envelope_rg	30.11 Å
形状 Rg shape_rg	30.88 Å
总 Rg total_rg	31.20 Å
总原子数 total_atoms	5840
残基数 n_residues	732
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9074
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.191
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.563
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.931

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1bjja_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1bjjb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1bjjc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1bjjd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1bjje_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1bjjf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1bjjA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1bjjB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1bjjC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1bjjD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1bjjE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1bjjF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.750 Å
晶胞边长 b length_b	105.800 Å
晶胞边长 c length_c	110.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2600

描述 description	AGKISTRODOTOXIN
分子量 formula_weight	14013.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5857

AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AGKISTRODOTOXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

fit	/app/data/saxs_computation/bj/1bjj/1bjj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bj/1bjj/1bjj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bj/1bjj/1bjj.dat