1bjq

THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH ADENINE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 151.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LECTIN

Vigna unguiculata subsp. cylindrica

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–275 链 B； UniProt 23–275 链 C； UniProt 23–275 链 D； UniProt 23–275	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 ADE ADENINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；100 MM NA-CACODYLATE PH 6.5 10 % (W/V) PEG 8000 20 MM MGAC2 1 MM ADENINE	分辨率 2.65 Å R-free 0.246
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 23–275 链 F； UniProt 23–275 链 G； UniProt 23–275 链 H； UniProt 23–275	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 ADE ADENINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；100 MM NA-CACODYLATE PH 6.5 10 % (W/V) PEG 8000 20 MM MGAC2 1 MM ADENINE	分辨率 2.65 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BJQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LU1 THE STRUCTURE OF THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH THE FORSSMAN DISACCHARIDE 提交 1998-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–275（253 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 ADE ADENINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM HEPES PH 7.5 0.2 M MGCL2 30% (W/V) PEG 400	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
1LU2 DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH THE BLOOD GROUP A TRISACCHARIDE 提交 1998-07-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–275（253 aa）链 B 23–275（253 aa）	未记录	A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.6；100 MM NACACO PH 6.6 15% (W/V) PEG-ME 5000 10 MM BLOOD GROUP A TRISACCHARIDE	分辨率 2.80 Å R-free 0.219

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEC1_DOLBI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275 作者链 B； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275 作者链 C； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275 作者链 D； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275 作者链 E； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275 作者链 F； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275 作者链 G； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275 作者链 H； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bjq
沉积日期 deposition_date	1998-06-26
结构标题 title	THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH ADENINE
关键词 keywords	GLYCOPROTEIN, LECTIN, ADENINE, QUATERNARY STRUCTURE, LEGUME LECTIN; GLYCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.39 Å
零角强度 I(0) i0	631910000.00
分子量 molecular_weight	208180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	260300 Å³
包络体积 envelope_volume	326230 Å³
水化壳体积 shell_volume	62188 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.5 Å
壳层 Rg shell_rg	46.60 Å
包络 Rg envelope_rg	46.19 Å
形状 Rg shape_rg	46.36 Å
总 Rg total_rg	46.51 Å
总原子数 total_atoms	14698
残基数 n_residues	1940
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.9 Å
Rg (实空间) rg_real	46.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	631500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.588
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.032

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LECTIN
分子量 formula_weight	27115.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	14698

ANIQSFSFKNFNSPSFILQGDATVSSGKLQLTKVKENGIPTPSSLGRAFYSSPIQIYDKSTGAVASWATSFTVKISAPSKASFADGIAFALVPVGSEPRRNGGYLGVFDSDVYNNSAQTVAVEFDTLSNSGWDPSMKHIGIDVNSIKSIATVSWDLANGENAEILITYNAATSLLVASLVHPSRRTSYILSERVDITNELPEYVSVGFSATTGLSEGYIETHDVLSWSFASKLPDDSTAEPLDLASYLVRNVL

来源 Source

来源生物 organism	Vigna unguiculata subsp. cylindrica
通用名 common_name	horse gram
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3840
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENINE
分子量 formula_weight	135.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1bjqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1bjqb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1bjqc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1bjqd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1bjqe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1bjqf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1bjqg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1bjqh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1bjqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1bjqB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1bjqC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1bjqD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1bjqE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1bjqF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1bjqG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1bjqH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	81.377 Å
晶胞边长 b length_b	116.135 Å
晶胞边长 c length_c	224.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/bj/1bjq/1bjq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bj/1bjq/1bjq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bj/1bjq/1bjq.dat