SAXSdb — 1bkm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PP60 V-SRC TYROSINE KINASE TRANSFORMING PROTEIN

Rous sarcoma virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 145–249	片段：DOMAIN 突变：INS(G0,S1), INS(EFIVTD) AT C-TERMINUS	1C5 [[O-PHOSPHONO-N-ACETYL-TYROSINYL]-GLUTAMYL-3[CYCLOHEXYLMETHYL]ALANINYL]-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；5% PEG 6K, 0.1M TRIS, PH 8, SITTING DROP EXPERIMENT, PROTEIN 50 MG/ML, INHIBITOR 4 MG/ML, 4:4:2 RATIO (WELL:PROT:INHIB), pH 8.0, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BKM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BKL SELF-ASSOCIATED APO SRC SH2 DOMAIN 提交 1997-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 145–249（105 aa）片段：SH2 DOMAIN	突变：INS(GS) AT N-TERMINUS, INS(EFIVTD) AT C-TERMINUS, BYPRODUCT OF CLONING	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；2M AMMONIUM SULFATE PH 6.6 , 25 MG/ML SRC SH2, SITTING DROPS, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.304
1IS0 Crystal Structure of a Complex of the Src SH2 Domain with Conformationally Constrained Peptide Inhibitor 提交 2001-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 144–249（106 aa）片段：SH2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；53% MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.272
1IS0 Crystal Structure of a Complex of the Src SH2 Domain with Conformationally Constrained Peptide Inhibitor 提交 2001-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 144–249（106 aa）片段：SH2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；53% MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.272
1KC2 structure of the triple (Lys(beta)D3Ala, Asp(beta)C8Ala, AspCD2Ala) mutant of the Src SH2 domain bound to the PQpYEEIPI peptide 提交 2001-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 145–247（103 aa）片段：SH2 domain	突变：D190A, D192A, K200A	CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.267
1NZL Crystal Structure of Src SH2 domain bound to doubly phosphorylated peptide PQpYEpYIPI 提交 2003-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 145–247（103 aa）片段：SH2 domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；PEG 4000,magnesium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.90 Å R-free 0.265
1NZL Crystal Structure of Src SH2 domain bound to doubly phosphorylated peptide PQpYEpYIPI 提交 2003-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 145–247（103 aa）片段：SH2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；PEG 4000,magnesium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.90 Å R-free 0.265
1NZV Crystal Structure of Src SH2 domain bound to doubly phosphorylated peptide PQpYIpYVPA 提交 2003-02-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 145–247（103 aa）片段：SH2 domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；PEG 4000, magnesium chloride,Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
1NZV Crystal Structure of Src SH2 domain bound to doubly phosphorylated peptide PQpYIpYVPA 提交 2003-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 145–247（103 aa）片段：SH2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；PEG 4000, magnesium chloride,Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
1SHA CRYSTAL STRUCTURE OF THE PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN SH2 OF V-SRC COMPLEXED WITH TYROSINE-PHOSPHORYLATED PEPTIDES 提交 1992-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 143–246（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
1SHB CRYSTAL STRUCTURE OF THE PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN SH2 OF V-SRC COMPLEXED WITH TYROSINE-PHOSPHORYLATED PEPTIDES 提交 1992-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 143–246（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1SKJ COCRYSTAL STRUCTURE OF UREA-SUBSTITUTED PHOSPHOPEPTIDE COMPLEX 提交 1997-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 142–252（111 aa）片段：SH2 DOMAIN	突变：N-TERMINAL INS(GS) AND C-TERMINAL INS(EFIVTD)	UR2 4-[3-CARBOXYMETHYL-3-(4-PHOSPHONOOXY-BENZYL)-UREIDO]-4-[(3-CYCLOHEXYL-PROPYL)-METHYL-CARBAMOYL]BUTYRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；20% PEG 6K, 0.1M ODIUM CACODYLATE PH 6, HANGING DROP EXPERIMENT, PROTEIN 29 MG/ ML, INHIBITOR 4 MG/ML, 4:4:2 RATIO (WELL:PROT:INHIB), pH 6.0, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.275
1SPR BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–247（104 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SPR BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 144–247（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SPR BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 144–247（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SPR BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 144–247（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SPS BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 144–247（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1SPS BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 144–247（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1SPS BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 144–247（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRC_RSVSA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–107； UniProt 145–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bkm
沉积日期 deposition_date	1997-05-02
结构标题 title	COCRYSTAL STRUCTURE OF D-AMINO ACID SUBSTITUTED PHOSPHOPEPTIDE COMPLEX
关键词 keywords	V-SRC SH2 DOMAIN, PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN, PP60 SRC SH2 DOMAIN, TRIPEPTIDE, D-AMINO ACID, TRANSFORMING PROTEIN; TRANSFORMING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.15 Å
零角强度 I(0) i0	3051520.00
分子量 molecular_weight	12106.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15104 Å³
包络体积 envelope_volume	16659 Å³
水化壳体积 shell_volume	10939 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.3 Å
壳层 Rg shell_rg	18.79 Å
包络 Rg envelope_rg	13.54 Å
形状 Rg shape_rg	13.14 Å
总 Rg total_rg	14.41 Å
总原子数 total_atoms	1055
残基数 n_residues	102
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.7 Å
Rg (实空间) rg_real	14.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0520e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3980e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3052000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8703
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.179
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	462600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PP60 V-SRC TYROSINE KINASE TRANSFORMING PROTEIN
分子量 formula_weight	12821.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.112
突变 mutation	INS(G0,S1), INS(EFIVTD) AT C-TERMINUS
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1238

GSAEEWYFGKITRRESEALLLNPENPRGTFLVRESETTKGAYCLSVSDFDNAKGLNVKHYKIRKLDSGGFYITSRTQFSSLQQLVAYYSKHADGLCHRLTNVCPTSKEFIVTD

来源 Source

来源生物 organism	Rous sarcoma virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11886
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[[O-PHOSPHONO-N-ACETYL-TYROSINYL]-GLUTAMYL-3[CYCLOHEXYLMETHYL]ALANINYL]-AMINE
分子量 formula_weight	598.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bkma_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bkmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	30.200 Å
晶胞边长 b length_b	46.900 Å
晶胞边长 c length_c	74.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2750

fit	/app/data/saxs_computation/bk/1bkm/1bkm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/1bkm/1bkm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/1bkm/1bkm.dat

COCRYSTAL STRUCTURE OF D-AMINO ACID SUBSTITUTED PHOSPHOPEPTIDE COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PP60 V-SRC TYROSINE KINASE TRANSFORMING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction