SAXSdb — 1bko

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THYMIDYLATE SYNTHASE A

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–279 链 B； UniProt 2–279	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.320
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–279 链 D； UniProt 2–279	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BKO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B02 CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE A FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–279（279 aa）	未记录	UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.25；pH 6.25	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
1BKP THERMOSTABLE THYMIDYLATE SYNTHASE A FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-07-09	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–279（278 aa）链 B 2–279（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.206
1BSF THERMOSTABLE THYMIDYLATE SYNTHASE A FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-07-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–279（278 aa）链 B 2–279（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.301
1BSP THERMOSTABLE THYMIDYLATE SYNTHASE A FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-07-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–279（278 aa）链 B 2–279（278 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.260

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TYSA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 2–279 作者链 B； PDB构建体 1–278； UniProt 2–279 作者链 C； PDB构建体 1–278； UniProt 2–279 作者链 D； PDB构建体 1–278； UniProt 2–279

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bko
沉积日期 deposition_date	1998-07-09
结构标题 title	THERMOSTABLE THYMIDYLATE SYNTHASE A FROM BACILLUS SUBTILIS
关键词 keywords	METHYLTRANSFERASE, DTMP SYNTHASE; METHYLTRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.63 Å
零角强度 I(0) i0	243968000.00
分子量 molecular_weight	130320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163210 Å³
包络体积 envelope_volume	224950 Å³
水化壳体积 shell_volume	40335 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.71 Å
包络 Rg envelope_rg	45.34 Å
形状 Rg shape_rg	46.64 Å
总 Rg total_rg	46.77 Å
总原子数 total_atoms	9204
残基数 n_residues	1112
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.4 Å
Rg (实空间) rg_real	46.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	243800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6870
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.038
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	149500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.180; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.529; Smooth: 0.858

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1bkoa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

结构域编号 domain_id	d1bkob_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

结构域编号 domain_id	d1bkoc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

结构域编号 domain_id	d1bkod_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bkoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

结构域编号 domain_id	1bkoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

结构域编号 domain_id	1bkoC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

结构域编号 domain_id	1bkoD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	99.363 Å
晶胞边长 b length_b	52.828 Å
晶胞边长 c length_c	129.391 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.3200

描述 description	THYMIDYLATE SYNTHASE A
分子量 formula_weight	32717.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9239

THERMOSTABLE THYMIDYLATE SYNTHASE A FROM BACILLUS SUBTILIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THYMIDYLATE SYNTHASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

fit	/app/data/saxs_computation/bk/1bko/1bko.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/1bko/1bko.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/1bko/1bko.dat