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1bmv

PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)

Bean pod mottle virus

UniProt P23009

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 120 RNA 60 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 60 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 2 RNA 1 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 1 与全部聚合物一致
3 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 10 RNA 5 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 5 与全部聚合物一致
4 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 12 RNA 6 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 6 与全部聚合物一致
5 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 2 RNA 1 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 1 与全部聚合物一致
6 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 60 RNA 30 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 30 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
1pgw 1pgw

共 2 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1pgw 1pgw 1pgw 1pgw

共 4 个 assembly

异源或核酸复合物
1bmv 1bmv 1bmv 1bmv 1bmv 1bmv 1pgl 1pgl 1pgl 1pgl 1pgl 1pgl

共 12 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGNM_BPMV
Isoform —
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–185； UniProt 821–1018 作者链 2； PDB构建体 1–374； UniProt 447–820

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bmv
沉积日期 deposition_date1989-10-09
结构标题 titlePROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsPROTEIN-RNA COMPLEX, SINGLE STRAND, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1bmv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1bmv__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1bmv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）0.00 Å
Rg（电子密度）124.10 Å
总 Rg124.00 Å
原子数274200
残基数34200
排除体积4853800 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1bmv__assembly_1__model_1 complete icosahedral assembly （180） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1bmv__assembly_2__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3 1 1bmv__assembly_3__model_1 pentadecameric （15） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4 1 1bmv__assembly_4__model_1 octadecameric （18） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5 1 1bmv__assembly_5__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6 1 1bmv__assembly_6__model_1 90-meric （90） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1bmv11
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.2 — Comoviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1bmv21
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.2 — Comoviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1bmv22
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.2 — Comoviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bmv100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1bmv200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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7. 引用文献 (1)