1bos

SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 147.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT

Phage h30, Enterobacteria phage H-19B

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 13 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–89 链 B； UniProt 21–89 链 C； UniProt 21–89 链 D； UniProt 21–89 链 E； UniProt 21–89	片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 8 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose × 5 GAL beta-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.226
2	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 12 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 21–89 链 G； UniProt 21–89 链 H； UniProt 21–89 链 I； UniProt 21–89 链 J； UniProt 21–89	片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 9 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose × 3 GAL beta-D-galactopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.226
3	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 12 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 21–89 链 L； UniProt 21–89 链 M； UniProt 21–89 链 N； UniProt 21–89 链 O； UniProt 21–89	片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 7 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose × 5 GAL beta-D-galactopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.226
4	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 12 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 21–89 链 Q； UniProt 21–89 链 R； UniProt 21–89 链 S； UniProt 21–89 链 T； UniProt 21–89	片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 9 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose × 3 GAL beta-D-galactopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BOS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C4Q MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (F30A/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE 提交 1999-08-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.52 Å R-free 0.194
1CQF THE COMPLEX OF THE MUTATED SHIGA TOXIN B SUBUNIT AND GB3 TRISACCHARIDE 提交 1999-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN	突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M CaCl2, 26% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.200
1D1I MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE 提交 1999-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN	突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10% (NH4)2SO4, 5% propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.211
1D1K MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE 提交 1999-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN	突变：D17E,W34A 突变：D17E,W34A 突变：D17E,W34A 突变：D17E,W34A 突变：D17E,W34A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.4 M K,NA TARTRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLTB_BPH30
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 G； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 H； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 I； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 J； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 K； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 L； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 M； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 N； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 O； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 P； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 Q； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 R； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 S； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 T； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bos
沉积日期 deposition_date	1998-01-13
结构标题 title	SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR
关键词 keywords	TOXIN, RECEPTOR BINDING, PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION, OB-FOLD; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.29 Å
零角强度 I(0) i0	486380000.00
分子量 molecular_weight	177980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	220880 Å³
包络体积 envelope_volume	300110 Å³
水化壳体积 shell_volume	54860 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.3 Å
壳层 Rg shell_rg	49.92 Å
包络 Rg envelope_rg	44.74 Å
形状 Rg shape_rg	46.26 Å
总 Rg total_rg	46.52 Å
总原子数 total_atoms	12422
残基数 n_residues	1380
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.6 Å
Rg (实空间) rg_real	46.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	486500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8887
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.003
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.744
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.878

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
分子量 formula_weight	7698.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	12767

TPDCVTGKVEYTKYNDDDTFTVKVGDKELFTNRWNLQSLLLSAQITGMTVTIKTNACHNGGGFSEVIFR

来源 Source

来源生物 organism	Phage h30, Enterobacteria phage H-19B
通用名 common_name	,
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	33

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	345

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d1bosa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bose_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1boso_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosp_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosq_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bosr_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1boss_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1bost_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	127.500 Å
晶胞边长 b length_b	97.700 Å
晶胞边长 c length_c	164.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	21.000 Å
R 因子 r_factor	0.1700
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.2260

fit	/app/data/saxs_computation/bo/1bos/1bos.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/1bos/1bos.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/1bos/1bos.dat