SAXSdb — 1bwq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–232	突变：L194A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.30 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BWQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BWP PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE 提交 1998-09-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–232（232 aa）	突变：L48A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
1BWR PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE 提交 1998-09-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–232（232 aa）	突变：T103S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1ES9 X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF R22K MUTANT OF THE MAMMALIAN BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASES (PAF-AH) 提交 2000-04-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–232（232 aa）	突变：R22K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；1.6M Ammonium sulphate, 100mM sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.30 Å R-free 0.217
1FXW CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT ALPHA1/ALPHA2 CATALYTIC HETERODIMER OF BOVINE BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB. 提交 2000-09-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–232（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；17% PEG-MME 2000, 100 mM Na acetate, pH 6.4, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1WAB PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE 提交 1996-10-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–232（232 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
3DT6 Crystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Paraoxon 提交 2008-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–232（232 aa）	突变：C55S	DEP DIETHYL PHOSPHONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
3DT8 Crystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Sarin 提交 2008-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–232（232 aa）	突变：C55S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.85 Å R-free 0.231
3DT9 Crystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Soman 提交 2008-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–232（232 aa）	突变：C55S	GD7 (1R)-1,2,2-TRIMETHYLPROPYL (R)-METHYLPHOSPHINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Ammonium sulfate, Sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.228

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA1B3_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bwq
沉积日期 deposition_date	1998-09-27
结构标题 title	PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
关键词 keywords	ACETYLHYDROLASE HYDROLASE, LIPID DEGRADATION, PLATELET FACTOR, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.48 Å
零角强度 I(0) i0	10696500.00
分子量 molecular_weight	23854.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29686 Å³
包络体积 envelope_volume	33355 Å³
水化壳体积 shell_volume	16826 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.76 Å
包络 Rg envelope_rg	16.70 Å
形状 Rg shape_rg	16.48 Å
总 Rg total_rg	17.45 Å
总原子数 total_atoms	1686
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.8 Å
Rg (实空间) rg_real	17.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8970
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.059
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.973

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bwqa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family family	c.23.10.3 — Acetylhydrolase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bwqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1110 — SGNH hydrolase

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	81.400 Å
晶胞边长 b length_b	81.400 Å
晶胞边长 c length_c	72.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2740

描述 description	PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
分子量 formula_weight	25958.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.47
突变 mutation	L194A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1850

PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	164

fit	/app/data/saxs_computation/bw/1bwq/1bwq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/1bwq/1bwq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/1bwq/1bwq.dat