SAXSdb — 1bwu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (AGGLUTININ)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 177–282 链 P； UniProt 18–123	未记录	PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38784） PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38784） MAN alpha-D-mannopyranose × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS PH 7.0, 1 WEEK, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 18–123	未记录	PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38784） MAN alpha-D-mannopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS PH 7.0, 1 WEEK, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 177–282	未记录	PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38784） MAN alpha-D-mannopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS PH 7.0, 1 WEEK, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BWU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KJ1 MANNOSE-SPECIFIC AGGLUTININ (LECTIN) FROM GARLIC (ALLIUM SATIVUM) BULBS COMPLEXED WITH ALPHA-D-MANNOSE 提交 2001-12-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 177–284（108 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS, 1WEEK, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
1KJ1 MANNOSE-SPECIFIC AGGLUTININ (LECTIN) FROM GARLIC (ALLIUM SATIVUM) BULBS COMPLEXED WITH ALPHA-D-MANNOSE 提交 2001-12-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 177–284（108 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS, 1WEEK, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.251

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q38789_ALLSA
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–106； UniProt 177–282 作者链 P； PDB构建体 1–106； UniProt 18–123

PROTEIN (AGGLUTININ)

物种未注明

UniProt Q38784

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 25–133 链 Q； UniProt 25–133	未记录	PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38789） PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38789） MAN alpha-D-mannopyranose × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS PH 7.0, 1 WEEK, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Q； UniProt 25–133	未记录	PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38789） MAN alpha-D-mannopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS PH 7.0, 1 WEEK, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 25–133	未记录	PROTEIN (AGGLUTININ) × 1 （Q38789） MAN alpha-D-mannopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS PH 7.0, 1 WEEK, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q38784_ALLSA
Isoform	—
PDB实体	2, 4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 25–133 作者链 Q； PDB构建体 1–109； UniProt 25–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bwu
沉积日期 deposition_date	1998-09-28
结构标题 title	MANNOSE-SPECIFIC AGGLUTININ (LECTIN) FROM GARLIC (ALLIUM SATIVUM) BULBS COMPLEXED WITH ALPHA-D-MANNOSE
关键词 keywords	BULB LECTIN, MANNOSE, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.48 Å
零角强度 I(0) i0	45394600.00
分子量 molecular_weight	50139.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61675 Å³
包络体积 envelope_volume	77203 Å³
水化壳体积 shell_volume	24894 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.92 Å
包络 Rg envelope_rg	26.11 Å
形状 Rg shape_rg	26.44 Å
总 Rg total_rg	27.26 Å
总原子数 total_atoms	3527
残基数 n_residues	430
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9044
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.552
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6007000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.892

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (AGGLUTININ)
分子量 formula_weight	11865.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3664

RNILRNDEGLYGGQSLDVNPYHFIMQEDCNLVLYDHSTSVWASNTGILGKKGCRAVLQSDGNFVVYDAEGRSLWASHSVRGNGNYVLVLQEDGNVVIYRSDIWSTN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (AGGLUTININ)
分子量 formula_weight	12124.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

RNILTNDEGLYGGQSLDVNPYHLIMQEDCNLVLYDHSTAVWSSNTDIPGKKGCKAVLQSDGNFVVYDAEGASLWASHSVRGNGNYVLVLQEDGNVVIYRSDIWSTNTYR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (AGGLUTININ)
分子量 formula_weight	11678.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

RNILTNDEGLYAGQSLDVNPYHFIMQEDCNLVLYDHSTSVWASNTGILGKKGCKAVLQADGNFVVYDAEGRSLWASHSVRGNGNYVLVLQEDGNVVIYGSDIWSTN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (AGGLUTININ)
分子量 formula_weight	12010.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

RNILTNDEGLYAGQSLDVNPYHLIMQEDCNLVLYDHSTAVWSSNTDIPGKKGCKAVLQSDGNFVVYDAEGASLWASHSVRGNGNYVLVLQEDGNVVIYGSDIWSTNTYK

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	137

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1bwua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.78 — beta-Prism II
超家族 Superfamily superfamily	b.78.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins
家族 Family family	b.78.1.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins

结构域编号 domain_id	d1bwud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.78 — beta-Prism II
超家族 Superfamily superfamily	b.78.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins
家族 Family family	b.78.1.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins

结构域编号 domain_id	d1bwup_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.78 — beta-Prism II
超家族 Superfamily superfamily	b.78.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins
家族 Family family	b.78.1.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins

结构域编号 domain_id	d1bwuq_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.78 — beta-Prism II
超家族 Superfamily superfamily	b.78.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins
家族 Family family	b.78.1.1 — alpha-D-mannose-specific plant lectins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bwuA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	90 — Orthogonal Prism
拓扑 Topology topology	10 — Agglutinin, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bulb-type lectin domain

结构域编号 domain_id	1bwuD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	90 — Orthogonal Prism
拓扑 Topology topology	10 — Agglutinin, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bulb-type lectin domain

结构域编号 domain_id	1bwuP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	90 — Orthogonal Prism
拓扑 Topology topology	10 — Agglutinin, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bulb-type lectin domain

结构域编号 domain_id	1bwuQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	90 — Orthogonal Prism
拓扑 Topology topology	10 — Agglutinin, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bulb-type lectin domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	203.243 Å
晶胞边长 b length_b	43.780 Å
晶胞边长 c length_c	79.268 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	9.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/bw/1bwu/1bwu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/1bwu/1bwu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/1bwu/1bwu.dat

MANNOSE-SPECIFIC AGGLUTININ (LECTIN) FROM GARLIC (ALLIUM SATIVUM) BULBS COMPLEXED WITH ALPHA-D-MANNOSE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (AGGLUTININ)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (AGGLUTININ)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)