1bwv

Activated Ribulose 1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase (RUBISCO) Complexed with the Reaction Intermediate Analogue 2-Carboxyarabinitol 1,5-Bisphosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–493 链 C； UniProt 1–493 链 E； UniProt 1–493 链 G； UniProt 1–493	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE) × 8 （O98950） MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；9% PEG8000, 4% MPD, 50 MM HEPES PH7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BWV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IWA RUBISCO FROM GALDIERIA PARTITA 提交 2002-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–493（493 aa）链 C 1–493（493 aa）链 E 1–493（493 aa）链 G 1–493（493 aa）链 I 1–493（493 aa）链 K 1–493（493 aa）链 M 1–493（493 aa）链 O 1–493（493 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.235

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O98949_9RHOD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493 作者链 C； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493 作者链 E； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493 作者链 G； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493

PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE)

物种未注明

UniProt O98950

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 S； UniProt 1–138 链 U； UniProt 1–138 链 W； UniProt 1–138 链 Y； UniProt 1–138	未记录	PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE) × 8 （O98949） MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；9% PEG8000, 4% MPD, 50 MM HEPES PH7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1BWV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IWA RUBISCO FROM GALDIERIA PARTITA 提交 2002-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–138（138 aa）链 D 1–138（138 aa）链 F 1–138（138 aa）链 H 1–138（138 aa）链 J 1–138（138 aa）链 L 1–138（138 aa）链 N 1–138（138 aa）链 P 1–138（138 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.235

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O98950_9RHOD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 U； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 W； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 Y； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bwv
沉积日期 deposition_date	1998-09-29
结构标题 title	Activated Ribulose 1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase (RUBISCO) Complexed with the Reaction Intermediate Analogue 2-Carboxyarabinitol 1,5-Bisphosphate
关键词 keywords	CARBON DIOXIDE FIXATION, COMPLEX (RUBISCO-REACTION INTERMEDIATE), HIGH SPECIFICITY FACTOR, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.32 Å
零角强度 I(0) i0	1088030000.00
分子量 molecular_weight	276790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	347670 Å³
包络体积 envelope_volume	451770 Å³
水化壳体积 shell_volume	82066 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.60 Å
包络 Rg envelope_rg	43.56 Å
形状 Rg shape_rg	43.35 Å
总 Rg total_rg	43.53 Å
总原子数 total_atoms	19496
残基数 n_residues	2436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.3 Å
Rg (实空间) rg_real	43.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1088000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8835
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.568
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	259000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.632

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE)
分子量 formula_weight	55101.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	20038

MSQSIEEKSVQERTRIKNSRYESGVIPYAKMGYWNPDYQVKDTDVLALFRVTPQPGVDPIEAAAAVAGESSTATWTVVWTDLLTAADLYRAKAYKVDQVPNNPEQYFAYIAYELDLFEEGSIANLTASIIGNVFGFKAVKALRLEDMRLPLAYLKTFQGPATGVILERERLDKFGRPLLGCTTKPKLGLSGKNYGRVVYEALKGGLDFVKDDENINSQPFMRWRERYLFTMEAVNKASAATGEVKGHYLNVTAATMEEMYARANFAKELGSVIIMIDLVIGYTAIQTMAKWARDNDMILHLHRAGNSTYSRQKNHGMNFRVICKWMRMAGVDHIHAGTVVGKLEGDPIITRGFYKTLLLPKLERNLQEGLFFDMEWASLRKVMPVASGGIHAGQMHQLIHYLGEDVVLQFGGGTIGHPDGIQAGATANRVALEAMILARNENRDYLTEGPEILREAAKTCGALRTALDLWKDITFNYTSTDTSDFVETPTANI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE)
分子量 formula_weight	16179.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,U,W,Y

VRITQGTFSFLPDLTDEQIKKQIDYMISKKLAIGIEYTNDIHPRNAYWEIWGLPLFDVTDPAAVLFEINACRKARSNFYIKVVGFSSVRGIESTIISFIVNRPKHEPGFNLMRQEDKSRSIKYTIHSYESYKPEDERY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	356.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	542

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1bwva1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bwva2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1bwvc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bwvc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1bwve1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bwve2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1bwvg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bwvg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1bwvs_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1bwvu_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1bwvw_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1bwvy_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1bwvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1bwvS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1bwvU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1bwvW00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1bwvY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	117.070 Å
晶胞边长 b length_b	117.070 Å
晶胞边长 c length_c	319.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1630
R_work r_work	0.1630
R_free r_free	0.1970

fit	/app/data/saxs_computation/bw/1bwv/1bwv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/1bwv/1bwv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/1bwv/1bwv.dat

Activated Ribulose 1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase (RUBISCO) Complexed with the Reaction Intermediate Analogue 2-Carboxyarabinitol 1,5-Bisphosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)