SAXSdb — 1byc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-AMYLASE

Glycine max

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–495	未记录	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BYC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFN BETA-AMYLASE/BETA-CYCLODEXTRIN COMPLEX 提交 1998-05-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；277 K；49% (NH4)2SO4, 0.1M NAOAC PH 5.4, 18MM 2-MERCAPTOETHANOL, AT 277K	分辨率 2.07 Å R-free 0.211
1BTC THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF SOYBEAN BETA-AMYLASE DETERMINED AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION: PRELIMINARY CHAIN TRACING OF THE COMPLEX WITH ALPHA-CYCLODEXTRIN 提交 1993-02-18	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–495（491 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1BYA CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS 提交 1994-01-25	聚集状态不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1BYB CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS 提交 1994-01-25	结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1BYD CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS 提交 1994-01-25	聚集状态不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1UKP Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1UKP Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1UKP Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1UKP Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1V3H The roles of Glu186 and Glu380 in the catalytic reaction of soybean beta-amylase 提交 2003-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：F76L, E186Q	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.181
1V3I The roles of Glu186 and Glu380 in the catalytic reaction of soybean beta-amylase 提交 2003-11-02	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：F76L, E380Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1WDP The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.27 Å R-free 0.174
1WDQ The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：T342V	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.28 Å R-free 0.174
1WDR The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：T342S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.35 Å R-free 0.172
1WDS The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：T342A	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.64 Å R-free 0.200

共 13 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYB_SOYBN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–495； UniProt 1–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1byc
沉积日期 deposition_date	1994-01-25
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS
关键词 keywords	HYDROLASE(O-GLYCOSYL); HYDROLASE(O-GLYCOSYL)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.84 Å
零角强度 I(0) i0	50860700.00
分子量 molecular_weight	56332.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70663 Å³
包络体积 envelope_volume	78461 Å³
水化壳体积 shell_volume	28804 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.75 Å
包络 Rg envelope_rg	22.03 Å
形状 Rg shape_rg	21.83 Å
总 Rg total_rg	22.73 Å
总原子数 total_atoms	3975
残基数 n_residues	491
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9044
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA-AMYLASE
分子量 formula_weight	56071.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4307

ATSDSNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPRIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNAKPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG

来源 Source

来源生物 organism	Glycine max
通用名 common_name	soybean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3847

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	332

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1byca_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bycA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	86.200 Å
晶胞边长 b length_b	86.200 Å
晶胞边长 c length_c	144.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	9.000 Å
R 因子 r_factor	0.1490
R_work r_work	0.1490
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/by/1byc/1byc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/1byc/1byc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/1byc/1byc.dat

CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS