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1byg

KINASE DOMAIN OF HUMAN C-TERMINAL SRC KINASE (CSK) IN COMPLEX WITH INHIBITOR STAUROSPORINE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (C-TERMINAL SRC KINASE)

Homo sapiens

UniProt P41240

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 173–450 片段：KINASE DOMAIN STU STAUROSPORINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 9；VAPOUR DIFFUSION, PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) CONTAINING 1MM STAUROSPORINE WAS MIXED IN 1:1 RATIO WITH THE RESERVOIR SOLUTION. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.2M MGCL2, 0.1M TRISHCL PH 9.0, 24% PEG 4000. 分辨率 2.40 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BYG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CSK THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CSKSH3: STRUCTURAL DIVERSITY NEAR THE RT-SRC AND N-SRC LOOP 提交 1994-03-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–71（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.278
1CSK THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CSKSH3: STRUCTURAL DIVERSITY NEAR THE RT-SRC AND N-SRC LOOP 提交 1994-03-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–71（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.278
1CSK THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CSKSH3: STRUCTURAL DIVERSITY NEAR THE RT-SRC AND N-SRC LOOP 提交 1994-03-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–71（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.278
1CSK THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CSKSH3: STRUCTURAL DIVERSITY NEAR THE RT-SRC AND N-SRC LOOP 提交 1994-03-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–71（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.278
3D7T Structural basis for the recognition of c-Src by its inactivator Csk 提交 2008-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 188–450（263 aa） 片段：Csk kinase domain
突变：K361A/K362A STU STAUROSPORINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D7T Structural basis for the recognition of c-Src by its inactivator Csk 提交 2008-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 188–450（263 aa） 片段：Csk kinase domain
突变：K361A/K362A STU STAUROSPORINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D7U Structural basis for the recognition of c-Src by its inactivator Csk 提交 2008-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 188–450（263 aa） 片段：Csk kinase domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.11 Å R-free 0.302
3D7U Structural basis for the recognition of c-Src by its inactivator Csk 提交 2008-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 188–450（263 aa） 片段：Csk kinase domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.11 Å R-free 0.302
3EAC Crystal structure of SH2 domain of Human Csk (carboxyl-terminal src kinase), Oxidized form. 提交 2008-08-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 73–178（106 aa） 片段：SH2 Domain (UNP residues 73 to 178)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；298 K；22% PEG 4000, 100 mM Bis-Tris, pH 7.3., EVAPORATION, temperature 298K
分辨率 1.37 Å R-free 0.217
3EAZ Crystal structure of SH2 domain of Human Csk (carboxyl-terminal src kinase), C122S mutant. 提交 2008-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 73–178（106 aa） 片段：Csk, SH2 domain (UNP residues 73 to 178)
突变：C122S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；22% PEG 4000, 100 mM Bis-Tris, pH 7.3., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.31 Å R-free 0.226

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 173–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1byg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1byg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1byg
沉积日期 deposition_date1998-10-14
结构标题 titleKINASE DOMAIN OF HUMAN C-TERMINAL SRC KINASE (CSK) IN COMPLEX WITH INHIBITOR STAUROSPORINE
关键词 keywordsPROTEIN KINASE, C-TERMINAL SRC KINASE, PHOSPHORYLATION, STAUROSPORINE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.66 Å
零角强度 I(0) i013339100.00
分子量 molecular_weight28248.0 kDa
排除体积 excluded_volume35756 ų
包络体积 envelope_volume41688 ų
水化壳体积 shell_volume18792 ų
包络直径 envelope_diameter65.4 Å
壳层 Rg shell_rg24.95 Å
包络 Rg envelope_rg18.98 Å
形状 Rg shape_rg18.62 Å
总 Rg total_rg19.73 Å
总原子数 total_atoms1988
残基数 n_residues246
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.6 Å
Rg (实空间) rg_real19.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13340000.0000
解质量估计 total_estimate0.8074
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.2 Å
偏度 Skewness skewness0.291
峰度 Kurtosis kurtosis-0.320
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3862000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1byga_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bygA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id1bygA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)