SAXSdb — 1c1d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-PHENYLALANINE DEHYDROGENASE

Rhodococcus sp.

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–356 链 B； UniProt 2–356	未记录	K POTASSIUM ION × 4 PHE PHENYLALANINE × 2 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.7；pH 8.70	分辨率 1.25 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C1D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BW9 PHENYLALANINE DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NAD+ AND PHENYLPYRUVATE 提交 1998-10-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–356（356 aa）链 B 1–356（356 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PPY 3-PHENYLPYRUVIC ACID × 2 K POTASSIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；pH 8.7	分辨率 1.50 Å
1BXG PHENYLALANINE DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NAD+ AND BETA-PHENYLPROPIONATE 提交 1998-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–356（356 aa）链 B 1–356（356 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 HCI HYDROCINNAMIC ACID × 2 K POTASSIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；pH 8.7	分辨率 2.30 Å
1C1X L-PHENYLALANINE DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NAD+ AND L-3-PHENYLLACTATE 提交 1999-07-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–356（355 aa）链 B 2–356（355 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 HFA ALPHA-HYDROXY-BETA-PHENYL-PROPIONIC ACID × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MACROSEEDED INTO BATCH；pH 8.7；296 K；1.2 M NA/K PHOSPHATE 50 MM CHES 2% ISOPROPANOL 5 MM NAD+ 10 MM L-3- PHENYLLACTATE 3.75 MG/ML PROTEIN, pH 8.7, MACROSEEDED INTO BATCH, temperature 296K	分辨率 1.40 Å R-free 0.229

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q59771_RHOSO
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 2–356 作者链 B； PDB构建体 1–355； UniProt 2–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c1d
沉积日期 deposition_date	1999-07-21
结构标题 title	L-PHENYLALANINE DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NADH AND L-PHENYLALANINE
关键词 keywords	AMINO ACID DEHYDROGENASE, OXIDATIVE DEAMINATION MECHANISM, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.01 Å
零角强度 I(0) i0	90255200.00
分子量 molecular_weight	73560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90708 Å³
包络体积 envelope_volume	119290 Å³
水化壳体积 shell_volume	27590 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.34 Å
包络 Rg envelope_rg	35.28 Å
形状 Rg shape_rg	36.00 Å
总 Rg total_rg	36.46 Å
总原子数 total_atoms	5151
残基数 n_residues	697
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.3 Å
Rg (实空间) rg_real	36.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7557
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.969
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.481; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.503; Smooth: 0.875

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-PHENYLALANINE DEHYDROGENASE
分子量 formula_weight	36412.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6119

SIDSALNWDGEMTVTRFDAMTGAHFVIRLDSTQLGPAAGGTRAAQYSNLADALTDAGKLAGAMTLKMAVSNLPMGGGKSVIALPAPRHSIDPSTWARILRIHAENIDKLSGNYWTGPDVNTNSADMDTLNDTTEFVFGRSLERGGAGSSAFTTAVGVFEAMKATVAHRGLGSLDGLTVLVQGLGAVGGSLASLAAEAGAQLLVADTDTERVAHAVALGHTAVALEDVLSTPCDVFAPCAMGGVITTEVARTLDCSVVAGAANNVIADEAASDILHARGILYAPDFVANAGGAIHLVGREVLGWSESVVHERAVAIGDTLNQVFEISDNDGVTPDEAARTLAGRRAREASTTTATA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1831
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	L-PHENYLALANINE DEHYDROGENASE
分子量 formula_weight	36442.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SIDSALNWDGEMTVTRFDSMTGAHFVIRLDSTQLGPAAGGTRAAQYSQLADALTDAGKLAGAMTLKMAVSNLPMGGGKSVIALPAPRHSIDPSTWARILRIHAENIDKLSGNYWTGPDVNTNSADMDTLNDTTEFVFGRSLERGGAGSSAFTTAVGVFEAMKATVAHRGLGSLDGLTVLVQGLGAVGGSLASLAAEAGAQLLVADTDTERVAHAVALGHTAVALEDVLSTPCDVFAPCAMGGVITTEVARTLDCSVVAGAANNVIADEAASDILHARGILYAPDFVANAGGAIHLVGREVLGWSESVVHERAVAIGDTLNQVFEISDNDGVTPDEAARTLAGRRAREASTTTATA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1831
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHENYLALANINE
分子量 formula_weight	165.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	928

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1c1da1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c1da2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d1c1db1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c1db2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1c1dA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1c1dA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1c1dB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1c1dB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.800 Å
晶胞边长 b length_b	110.600 Å
晶胞边长 c length_c	113.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.250 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/c1/1c1d/1c1d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c1/1c1d/1c1d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c1/1c1d/1c1d.dat

L-PHENYLALANINE DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NADH AND L-PHENYLALANINE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-PHENYLALANINE DEHYDROGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)