SAXSdb — 1c3j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE

Enterobacteria phage T4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–351	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；AMMONIUM SULFATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 1.88 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C3J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BGT CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA MODIFYING ENZYME BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN THE PRESENCE AND ABSENCE OF THE SUBSTRATE URIDINE DIPHOSPHOGLUCOSE 提交 1994-06-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1BGU CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA MODIFYING ENZYME BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN THE PRESENCE AND ABSENCE OF THE SUBSTRATE URIDINE DIPHOSPHOGLUCOSE 提交 1994-06-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1IXY Ternary complex of T4 phage BGT with UDP and a 13 mer DNA duplex 提交 2002-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, tert-butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
1IXY Ternary complex of T4 phage BGT with UDP and a 13 mer DNA duplex 提交 2002-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, tert-butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
1J39 Crystal Structure of T4 phage BGT in complex with its UDP-glucose substrate 提交 2003-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.87 Å R-free 0.232
1JEJ T4 phage apo BGT 提交 2001-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
1JG6 T4 phage BGT in complex with UDP 提交 2001-06-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
1JG7 T4 phage BGT in complex with UDP and Mn2+ 提交 2001-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.244
1JIU T4 Phage BGT in Complex with Mg2+ : Form I 提交 2001-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.274
1JIV T4 phage BGT in complex with Mg2+ : Form II 提交 2001-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.07 Å R-free 0.237
1JIX T4 Phage BGT in Complex with Ca2+ 提交 2001-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.214
1M5R Ternary complex of T4 phage BGT with UDP and a 13 mer DNA duplex 提交 2002-07-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, tert-butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
1M5R Ternary complex of T4 phage BGT with UDP and a 13 mer DNA duplex 提交 2002-07-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, tert-butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
1NVK T4 phage BGT in complex with UDP and a Mn2+ ion at 1.8 A resolution 提交 2003-02-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；peg4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
1NZD T4 phage BGT-D100A mutant in complex with UDP-glucose: Form I 提交 2003-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	突变：D100A	CL CHLORIDE ION × 2 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；PEG 4000, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.215
1NZF T4 phage BGT-D100A mutant in complex with UDP-glucose: Form II 提交 2003-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	突变：D100A	CL CHLORIDE ION × 2 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；peg 4000, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
1QKJ T4 Phage B-Glucosyltransferase, Substrate Binding and Proposed Catalytic Mechanism 提交 1999-07-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.40	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1SXP BGT in complex with a 13mer DNA containing a central A:G mismatch 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–351（351 aa）链 B 1–351（351 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
1SXQ BGT in complex with a 13mer DNA containing a central C:G base pair and UDP 提交 2004-03-31	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
1SXQ BGT in complex with a 13mer DNA containing a central C:G base pair and UDP 提交 2004-03-31	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
2BGT CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA MODIFYING ENZYME BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN THE PRESENCE AND ABSENCE OF THE SUBSTRATE URIDINE DIPHOSPHOGLUCOSE 提交 1994-06-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2BGU CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA MODIFYING ENZYME BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN THE PRESENCE AND ABSENCE OF THE SUBSTRATE URIDINE DIPHOSPHOGLUCOSE 提交 1994-06-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–351（351 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å

共 19 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSTB_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–351； UniProt 1–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c3j
沉积日期 deposition_date	1999-07-28
结构标题 title	T4 PHAGE BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE: SUBSTRATE BINDING AND PROPOSED CATALYTIC MECHANISM
关键词 keywords	GLYCOSYLTRANSFERASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.94 Å
零角强度 I(0) i0	24364800.00
分子量 molecular_weight	38947.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49303 Å³
包络体积 envelope_volume	57634 Å³
水化壳体积 shell_volume	22915 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.67 Å
包络 Rg envelope_rg	21.24 Å
形状 Rg shape_rg	20.93 Å
总 Rg total_rg	21.85 Å
总原子数 total_atoms	2742
残基数 n_residues	333
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8654
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.261
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7572000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	40719.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2908

MKIAIINMGNNVINFKTVPSSETIYLFKVISEMGLNVDIISLKNGVYTKSFDEVDVNDYDRLIVVNSSINFFGGKPNLAILSAQKFMAKYKSKIYYLFTDIRLPFSQSWPNVKNRPWAYLYTEEELLIKSPIKVISQGINLDIAKAAHKKVDNVIEFEYFPIEQYKIHMNDFQLSKPTKKTLDVIYGGSFRSGQRESKMVEFLFDTGLNIEFFGNAREKQFKNPKYPWTKAPVFTGKIPMNMVSEKNSQAIAALIIGDKNYNDNFITLRVWETMASDAVMLIDEEFDTKHRIINDARFYVNNRAELIDRVNELKHSDVLRKEMLSIQHDILNKTRAKKAEWQDAFKKAIDL

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	166

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1c3ja_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamily	c.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family family	c.87.1.1 — beta-Glucosyltransferase (DNA-modifying)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1c3jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	1c3jA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	151.700 Å
晶胞边长 b length_b	52.260 Å
晶胞边长 c length_c	52.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/c3/1c3j/1c3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c3/1c3j/1c3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c3/1c3j/1c3j.dat

T4 PHAGE BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE: SUBSTRATE BINDING AND PROPOSED CATALYTIC MECHANISM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction