SAXSdb — 1c4k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)

Lactobacillus sp. 30A

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–730	突变：G121Y	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；20 DEG, SITTING DROP, MICROBRIDGES, RESERVOIRS CONTAINING 30% PEG3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, AND 0.1 M SODIUM HEPES PH 7.0. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES RESERVOIR AND 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION.	分辨率 2.70 Å R-free 0.281
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–730	突变：G121Y	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；20 DEG, SITTING DROP, MICROBRIDGES, RESERVOIRS CONTAINING 30% PEG3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, AND 0.1 M SODIUM HEPES PH 7.0. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES RESERVOIR AND 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION.	分辨率 2.70 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C4K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ORD CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PLP-DEPENDENT ORNITHINE DECARBOXYLASE FROM LACTOBACILLUS 30A TO 3.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–730（730 aa）链 B 1–730（730 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
1ORD CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PLP-DEPENDENT ORNITHINE DECARBOXYLASE FROM LACTOBACILLUS 30A TO 3.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–730（730 aa）链 B 1–730（730 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.268

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCOR_LACS3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–730； UniProt 1–730

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c4k
沉积日期 deposition_date	1999-08-26
结构标题 title	ORNITHINE DECARBOXYLASE MUTANT (GLY121TYR)
关键词 keywords	DECARBOXYLASE, ORNITHINE, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.97 Å
零角强度 I(0) i0	111157000.00
分子量 molecular_weight	83113.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103730 Å³
包络体积 envelope_volume	130500 Å³
水化壳体积 shell_volume	37186 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.40 Å
包络 Rg envelope_rg	29.40 Å
形状 Rg shape_rg	28.96 Å
总 Rg total_rg	29.69 Å
总原子数 total_atoms	5872
残基数 n_residues	728
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8785
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.252
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
分子量 formula_weight	82755.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.17
突变 mutation	G121Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6122

SSSLKIASTQEARQYFDTDRVVVDAVGSDFTDVGAVIAMDYETDVIDAADATKFGIPVFAVTKDAQAISADELKKIFHIIDLENKFDATVNAREIETAVNNYEDSILPPFFKSLKEYVSRYLIQFDCPGHQGGQYYRKHPAGREFYDFFGETVFRADLCNADVALGDLLIHEGPAVAAEKHAARVYNADKTYFVLGGSSNANNTVTSALVSNGDLVLFDRNNHKSVYNSALAMAGGRPVYLQTNRNPYGFIGGIYDSDFDEKKIRELAAKVDPERAKWKRPFRLAVIQLGTYDGTIYNAHEVVKRIGHLCDYIEFDSAWVGYEQFIPMMRNSSPLLIDDLGPEDPGIIVVQSVHKQQAGFSQTSQIHKKDSHIKGQLRYCDHKHFNNSFNLFMSTSPFYPMYAALDVNAAMQEGEAGRKLWHDLLITTIEARKKLIKAGSMFRPFVPPVVNGKKWEDGDTEDMANNIDYWRFEKGAKWHAYEGYGDNQYYVDPNKFMLTTPGINPETGDYEDFGVPATIVANYLRDHGIIPEKSDLNSILFLMTPAETPAKMNNLITQLLQLQRLIEEDAPLKQVLPSIYAANEERYNGYTIRELCQELHDFYKNNNTFTYQKRLFLREFFPEQGMLPYEARQEFIRNHNKLVPLNKIEGEIALEGALPYPPGVFCVAPGEKWSETAVKYFTILQDGINNFPGFAPEIQGVYFKQEGDKVVAYGEVYDAEVAKNDDRYNN

来源 Source

来源生物 organism	Lactobacillus sp. 30A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1593
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1c4ka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.4 — Ornithine decarboxylase N-terminal 'wing' domain

结构域编号 domain_id	d1c4ka2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.5 — Ornithine decarboxylase major domain

结构域编号 domain_id	d1c4ka3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.125 — Ornithine decarboxylase C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.125.1 — Ornithine decarboxylase C-terminal domain
家族 Family family	d.125.1.1 — Ornithine decarboxylase C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1c4kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	1c4kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	1c4kA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1c4kA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	100 — Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.800 Å
晶胞边长 b length_b	111.800 Å
晶胞边长 c length_c	135.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2810

fit	/app/data/saxs_computation/c4/1c4k/1c4k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c4/1c4k/1c4k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c4/1c4k/1c4k.dat

ORNITHINE DECARBOXYLASE MUTANT (GLY121TYR)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction