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1c4o

CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR ENZYME UVRB FROM THERMUS THERMOPHILUS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.7 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR ENZYME UVRB

Thermus thermophilus

UniProt Q56243

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–665 未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；4 MICROLITERS PROTEIN (14 MG/ML IN 50 MM TRIS/CL, 1 MM EDTA, 5 MM DTT, 10% (V/ V) GLYCEROL, PH 7.5) WERE MIXED WITH 4 MICROLITERS RESERVOIR SOLUTION (1.7-1.9 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, 0.5% (W/V) BETA-OCTYLGLUCOSIDE, PH 6.0) AND EQUILIBRATED AGAINST 1 ML OF RESERVOIR SOLUTION AT 293 K., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 1.50 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1C4O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D2M UVRB PROTEIN OF THERMUS THERMOPHILUS HB8; A NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR ENZYME 提交 1999-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–665（665 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；lithium sulfate, B-octylgulucoside, glycerol, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.253
7EGT The crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus UvrD complexed with the N-terminal domain of UvrB 提交 2021-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–408（408 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500
分辨率 2.58 Å R-free 0.249
7EGT The crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus UvrD complexed with the N-terminal domain of UvrB 提交 2021-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–408（408 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500
分辨率 2.58 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UVRB_THET8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–664； UniProt 2–665

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1c4o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1c4o
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1c4o
沉积日期 deposition_date1999-09-14
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR ENZYME UVRB FROM THERMUS THERMOPHILUS
关键词 keywordsDNA NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR, UVRABC, HELICASE, HYPERTHERMOSTABLE PROTEIN, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.25 Å
零角强度 I(0) i053555200.00
分子量 molecular_weight57287.0 kDa
排除体积 excluded_volume71894 ų
包络体积 envelope_volume89961 ų
水化壳体积 shell_volume29022 ų
包络直径 envelope_diameter88.4 Å
壳层 Rg shell_rg33.15 Å
包络 Rg envelope_rg26.20 Å
形状 Rg shape_rg26.23 Å
总 Rg total_rg27.04 Å
总原子数 total_atoms4039
残基数 n_residues495
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.7 Å
Rg (实空间) rg_real27.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53560000.0000
解质量估计 total_estimate0.9057
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.1 Å
偏度 Skewness skewness0.304
峰度 Kurtosis kurtosis-0.522
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13720000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.965
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1c4oa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain
结构域编号 domain_idd1c4oa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1c4oA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1c4oA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)