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1c6z

ALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PROTEASE)

Human immunodeficiency virus 1

UniProt O09893

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–99 链 B； UniProt 1–99 未记录 ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：CRYSTALS OBTAINED BY CO-CRYSTALLIZATION AT PH 5.2, USING 0.6M NaCl AS PRECIPITATING AGENT IN 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER. PROTEIN WAS AT 5.5 MG/ML CONCENTRATION. 分辨率 2.50 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1C6Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C6X ALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP. 提交 1999-12-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 3IN N-[2(S)-CYCLOPENTYL-1(R)-HYDROXY-3(R)METHYL]-5-[(2(S)-TERTIARY-BUTYLAMINO-CARBONYL)-4-(N1-(2)-(N-METHYLPIPERAZINYL)-3-CHLORO-PYRAZINYL-5-CARBONYL)-PIPERAZINO]-4(S)-HYDROXY-2(R)-PHENYLMETHYL-PENTANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 crystals obtained by co-crystallization at ph 5.2, using 0.6M NaCl as precipitating agent in 0.1M sodium acetate buffer. protein was at 5.5 mg/ml concentration
分辨率 2.50 Å R-free 0.300
1C6Y ALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP. 提交 1999-12-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 MK1 N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-5-[(2(S)-TERTIARY BUTYLAMINOCARBONYL)-4(3-PYRIDYLMETHYL)PIPERAZINO]-4(S)-HYDROXY-2(R)-PHENYLMETHYLPENTANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 THE CRYSTAL WAS PREPARED WITH CO CRYSTALLIZATION METHOD. 9X MUTANT PROTEASE HAS NINE POINT MUTATIONS COMPARED TO WILD TYPE: L10V,K20M,L24I,S37D,M46I,I54V,L63P,A71V,V82T THERE IS ONE PROTEASE DIMER IN AN ASYMMETRICAL UNIT. THE TWO MOLECULES ARE LABELED AS CHAIN A AND CHAIN B. THERE IS ONE L-735,524 INHIBITOR MOLECULE LABELED AS MK1.
分辨率 2.50 Å R-free 0.310

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O09893_9HIV1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1c6z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1c6z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1c6z
沉积日期 deposition_date1999-12-28
结构标题 titleALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP.
关键词 keywordshydrolase-hydrolase inhibitor complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.31 Å
零角强度 I(0) i07977000.00
分子量 molecular_weight22220.0 kDa
排除体积 excluded_volume28494 ų
包络体积 envelope_volume32025 ų
水化壳体积 shell_volume15906 ų
包络直径 envelope_diameter62.1 Å
壳层 Rg shell_rg22.90 Å
包络 Rg envelope_rg17.56 Å
形状 Rg shape_rg17.31 Å
总 Rg total_rg18.26 Å
总原子数 total_atoms1563
残基数 n_residues198
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.0 Å
Rg (实空间) rg_real18.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real7.9770e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7977000.0000
解质量估计 total_estimate0.7585
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary59.7 Å
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.236
角度范围 angular_range— – 0.4350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3268000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.639; Stabil: 0.989; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1c6za_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)
结构域编号 domain_idd1c6zb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1c6zA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id1c6zB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)