SAXSdb — 1c7k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ZINC ENDOPROTEASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–132	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIQUID DIFFUSION；pH 7；277 K；acetone, pH 7.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.00 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C7K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KUH ZINC PROTEASE FROM STREPTOMYCES CAESPITOSUS 提交 1996-02-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–132（132 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.225
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–132（131 aa）片段：Mature protease 链 C 2–132（131 aa）片段：Mature protease	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 2–132（131 aa）片段：Mature protease 链 G 2–132（131 aa）片段：Mature protease	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 2–132（131 aa）片段：Mature protease 链 K 2–132（131 aa）片段：Mature protease	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNPA_STRCS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c7k
沉积日期 deposition_date	2000-02-19
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZINC PROTEASE
关键词 keywords	alpha and beta protein, METALLOPROTEINASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.58 Å
零角强度 I(0) i0	4989640.00
分子量 molecular_weight	14477.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17402 Å³
包络体积 envelope_volume	19346 Å³
水化壳体积 shell_volume	12057 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.6 Å
壳层 Rg shell_rg	19.40 Å
包络 Rg envelope_rg	13.86 Å
形状 Rg shape_rg	13.57 Å
总 Rg total_rg	14.71 Å
总原子数 total_atoms	1017
残基数 n_residues	132
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.4 Å
Rg (实空间) rg_real	14.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9900e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1360e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.370
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	846800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ZINC ENDOPROTEASE
分子量 formula_weight	14387.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1133

TVTVTYDPSNAPSFQQEIANAAQIWNSSVRNVQLRAGGNADFSYYEGNDSRGSYAQTDGHGRGYIFLDYQQNQQYDSTRVTAHETGHVLGLPDHYQGPCSELMSGGGPGPSCTNPYPNAQERSRVNALWANG

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1c7ka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.1 — Zinc protease

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1c7kA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	55.103 Å
晶胞边长 b length_b	55.199 Å
晶胞边长 c length_c	37.243 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.000 Å
最低分辨率 resolution_low	55.000 Å
R 因子 r_factor	0.1480
R_work r_work	—
R_free r_free	0.1780

fit	/app/data/saxs_computation/c7/1c7k/1c7k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/1c7k/1c7k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/1c7k/1c7k.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZINC PROTEASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ZINC ENDOPROTEASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction