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1c7r

THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE/AUTOCRINE MOTILITY FACTOR/NEUROLEUKIN COMPLEXED WITH ITS CARBOHYDRATE PHOSPHATE INHIBITORS AND ITS SUBSTRATE RECOGNITION MECHANISM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE

Geobacillus stearothermophilus

UniProt P13376

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–445 未记录 PA5 5-PHOSPHOARABINONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；0.1M HEPES PH 7.5, 0.8M K, NA TARTRATE 分辨率 2.50 Å R-free 0.289
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–445 未记录 PA5 5-PHOSPHOARABINONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；0.1M HEPES PH 7.5, 0.8M K, NA TARTRATE 分辨率 2.50 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1C7R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B0Z The crystal structure of phosphoglucose isomerase-an enzyme with autocrine motility factor activity in tumor cells 提交 1998-11-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION FROM 4-UL DROPLETS OF PROTEIN SOLUTION (15 MG/ML) IN 50 MM PHOSPHATE BUFFER (PH7.0) AND 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE AGAINST A RESERVOIR OF THE ABOVE BUFFER CONTAINING 0.4M AMMONIUM PHOSPHATE., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1B0Z The crystal structure of phosphoglucose isomerase-an enzyme with autocrine motility factor activity in tumor cells 提交 1998-11-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION FROM 4-UL DROPLETS OF PROTEIN SOLUTION (15 MG/ML) IN 50 MM PHOSPHATE BUFFER (PH7.0) AND 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE AGAINST A RESERVOIR OF THE ABOVE BUFFER CONTAINING 0.4M AMMONIUM PHOSPHATE., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1C7Q THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE/AUTOCRINE MOTILITY FACTOR/NEUROLEUKIN COMPLEXED WITH ITS CARBOHYDRATE PHOSPHATE INHIBITORS AND ITS SUBSTRATE RECOGNITION MECHANISM 提交 2000-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–445（445 aa）
未记录 BE1 N-BROMOACETYL-AMINOETHYL PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M HEPES PH 7.5, 0.8M K, NA TARTRATE
分辨率 2.30 Å R-free 0.242
2PGI THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE-AN ENZYME WITH AUTOCRINE MOTILITY FACTOR ACTIVITY IN TUMOR CELLS 提交 1998-10-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.278
2PGI THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE-AN ENZYME WITH AUTOCRINE MOTILITY FACTOR ACTIVITY IN TUMOR CELLS 提交 1998-10-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.278

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G6PIB_BACST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1c7r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1c7r
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1c7r
沉积日期 deposition_date2000-03-02
结构标题 titleTHE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE/AUTOCRINE MOTILITY FACTOR/NEUROLEUKIN COMPLEXED WITH ITS CARBOHYDRATE PHOSPHATE INHIBITORS AND ITS SUBSTRATE RECOGNITION MECHANISM
关键词 keywordsPHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE/AUTOCRINE MOTILITY FACTOR/ NEUROLEUKIN, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.47 Å
零角强度 I(0) i038640700.00
分子量 molecular_weight48786.0 kDa
排除体积 excluded_volume61304 ų
包络体积 envelope_volume75005 ų
水化壳体积 shell_volume26625 ų
包络直径 envelope_diameter82.3 Å
壳层 Rg shell_rg30.71 Å
包络 Rg envelope_rg23.89 Å
形状 Rg shape_rg23.44 Å
总 Rg total_rg24.40 Å
总原子数 total_atoms3443
残基数 n_residues432
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.9 Å
Rg (实空间) rg_real24.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38640000.0000
解质量估计 total_estimate0.9001
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.2 Å
偏度 Skewness skewness0.230
峰度 Kurtosis kurtosis-0.465
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5483000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1c7ra_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.80 — SIS domain
超家族 Superfamily superfamilyc.80.1 — SIS domain
家族 Family familyc.80.1.2 — Phosphoglucose isomerase, PGI

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1c7rA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10490 — Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1
结构域编号 domain_id1c7rA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10490 — Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)