1c7y

E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 32	;DNA (5'-D(PDAPDAPDGPDTPDTPDGPDGPDGPDAPDTPDTPDGPDT)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDCPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDAPDAPDGPDC)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDGPDCPDTPDTPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDGPDA)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDTPDAPDGPDGPDGPDTPDGPDAPDA)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDTPDTPDCPDAPDCPDCPDCPDTPDAPDAPDCPDCPDA)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDGPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDTPDTPDCPDG)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDCPDGPDAPDAPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDCPDT)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDCPDAPDAPDTPDCPDCPDCPDAPDAPDCPDTPDT)-3') ; × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUVA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c7y
沉积日期 deposition_date	2000-04-03
结构标题 title	E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX
关键词 keywords	helix-hairpin-helix, protein-DNA complex, homologous recombination, Holliday junction, RECOMBINATION-DNA COMPLEX; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1c7y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1c7y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1c7y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.22 Å
Rg（电子密度）	31.64 Å
总 Rg	32.31 Å
原子数	8180
残基数	896
排除体积	140470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1c7y__assembly_1__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDAPDAPDGPDTPDTPDGPDGPDGPDAPDTPDTPDGP*DT)-3') ;
分子量 formula_weight	4061.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3565

AAGTTGGGATTGT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDCPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDAPDAPDGPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	3693.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTGTGTGTAAGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDCPDTPDTPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDGP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	3944.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCTTACACACAGA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDTPDAPDGPDGPDGPDTPDGPDAPDA)-3') ;
分子量 formula_weight	3782.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGTTAGGGTGAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDTPDTPDCPDAPDCPDCPDCPDTPDAPDAPDCPDCP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	3855.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TTCACCCTAACCA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDTPDTPDCPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	3631.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GACACACATTCG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDCPDGPDAPDAPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDCP*DT)-3') ;
分子量 formula_weight	3997.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CGAATGTGTGTCT

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDCPDAPDAPDTPDCPDCPDCPDAPDAPDCPDTPDT)-3') ;
分子量 formula_weight	3566.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CAATCCCAACTT

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
分子量 formula_weight	22111.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIGRLRGIIIEKQPPLVLIEVGGVGYEVHMPMTCFYELPEAGQEAIVFTHFVVREDAQLLYGFNNKQERTLFKELIKTNGVGPKLALAILSGMSAQQFVNAVEREEVGALVKLPGIGKKTAERLIVEMKDRFKGLHGDLFTPAADLVLTSPASPATDDAEQEAVAALVALGYKPQEASRMVSKIARPDASSETLIREALRAAL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1c7ya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family family	a.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c7ya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family family	a.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain

结构域编号 domain_id	d1c7ya3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1c7yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1c7yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1c7yA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

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晶胞边长 a length_a	158.650 Å
晶胞边长 b length_b	158.650 Å
晶胞边长 c length_c	158.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	211
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	45.800 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.2790

E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1c7y__assembly_1__model_1

1c7y__assembly_1__model_1 | I(q)

1c7y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1c7y__assembly_1__model_1

1c7y__assembly_1__model_1 | I(q)

1c7y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)