SAXSdb — 1c7y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 32 PDB 声明：36-meric（36）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–203	未记录	;DNA (5'-D(PDAPDAPDGPDTPDTPDGPDGPDGPDAPDTPDTPDGPDT)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDCPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDAPDAPDGPDC)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDGPDCPDTPDTPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDGPDA)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDTPDAPDGPDGPDGPDTPDGPDAPDA)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDTPDTPDCPDAPDCPDCPDCPDTPDAPDAPDCPDCPDA)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDGPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDTPDTPDCPDG)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDCPDGPDAPDAPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDCPDT)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PDCPDAPDAPDTPDCPDCPDCPDAPDAPDCPDTPDT)-3') ; × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；ammonium sulfate, sodium chloride, glycerol, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C7Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BDX E. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA CARBONS AND PHOSPHATE ATOMS ONLY 提交 1998-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–203（203 aa）链 B 1–203（203 aa）链 C 1–203（203 aa）链 D 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN/DNA COMPLEX WAS CRYSTALLISED FROM 0.85M SODIUM ACETATE BUFFERED WITH 100MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 6.00 Å
1CUK ESCHERICHIA COLI RUVA PROTEIN AT PH 4.9 AND ROOM TEMPERATURE 提交 1996-08-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1D8L E. COLI HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA NH2 REGION LACKING DOMAIN III 提交 1999-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–149（149 aa）片段：NH2 REGION 链 B 1–149（149 aa）片段：NH2 REGION	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.50 Å R-free 0.320
1HJP HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA FROM E. COLI 提交 1997-08-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；50MM CITRATE PH4.9 500MM NACL 10% GLYCEROL 3% PEG2000	分辨率 2.50 Å R-free 0.294

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUVA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c7y
沉积日期 deposition_date	2000-04-03
结构标题 title	E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX
关键词 keywords	helix-hairpin-helix, protein-DNA complex, homologous recombination, Holliday junction, RECOMBINATION-DNA COMPLEX; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.00 Å
零角强度 I(0) i0	20135700.00
分子量 molecular_weight	29537.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35118 Å³
包络体积 envelope_volume	45558 Å³
水化壳体积 shell_volume	18732 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.4 Å
壳层 Rg shell_rg	27.13 Å
包络 Rg envelope_rg	22.07 Å
形状 Rg shape_rg	21.95 Å
总 Rg total_rg	22.80 Å
总原子数 total_atoms	2045
残基数 n_residues	224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8818
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.349
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.347
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDAPDAPDGPDTPDTPDGPDGPDGPDAPDTPDTPDGP*DT)-3') ;
分子量 formula_weight	4061.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3565

AAGTTGGGATTGT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDCPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDAPDAPDGPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	3693.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTGTGTGTAAGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDCPDTPDTPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDGP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	3944.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCTTACACACAGA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDTPDAPDGPDGPDGPDTPDGPDAPDA)-3') ;
分子量 formula_weight	3782.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGTTAGGGTGAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDTPDTPDCPDAPDCPDCPDCPDTPDAPDAPDCPDCP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	3855.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TTCACCCTAACCA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDAPDCPDAPDCPDAPDCPDAPDTPDTPDCPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	3631.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GACACACATTCG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDCPDGPDAPDAPDTPDGPDTPDGPDTPDGPDTPDCP*DT)-3') ;
分子量 formula_weight	3997.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CGAATGTGTGTCT

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDCPDAPDAPDTPDCPDCPDCPDAPDAPDCPDTPDT)-3') ;
分子量 formula_weight	3566.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CAATCCCAACTT

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
分子量 formula_weight	22111.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIGRLRGIIIEKQPPLVLIEVGGVGYEVHMPMTCFYELPEAGQEAIVFTHFVVREDAQLLYGFNNKQERTLFKELIKTNGVGPKLALAILSGMSAQQFVNAVEREEVGALVKLPGIGKKTAERLIVEMKDRFKGLHGDLFTPAADLVLTSPASPATDDAEQEAVAALVALGYKPQEASRMVSKIARPDASSETLIREALRAAL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1c7ya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family family	a.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c7ya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family family	a.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain

结构域编号 domain_id	d1c7ya3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1c7yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1c7yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1c7yA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	158.650 Å
晶胞边长 b length_b	158.650 Å
晶胞边长 c length_c	158.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	211
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	45.800 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/c7/1c7y/1c7y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/1c7y/1c7y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/1c7y/1c7y.dat

E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)