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1c8d

CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CANINE PARVOVIRUS CAPSID

物种未注明

UniProt P30129

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly（60） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–584 未记录 CA CALCIUM ION × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.00 Å
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–584 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.00 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–584 未记录 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.00 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–584 未记录 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.00 Å
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–584 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.00 Å
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–584 未记录 CA CALCIUM ION × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1C8D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：180-MERIC
链 P 1–584（584 aa）
突变：A300D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5
分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 P 1–584（584 aa）
突变：A300D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5
分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentadecameric
链 P 1–584（584 aa）
突变：A300D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5
分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octadecameric
链 P 1–584（584 aa）
突变：A300D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5
分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 P 1–584（584 aa）
突变：A300D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5
分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：180-meric
链 P 1–584（584 aa）
突变：A300D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5
分辨率 3.25 Å
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly
链 A 37–584（548 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737
突变：N93D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 37–584（548 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737
突变：N93D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 37–584（548 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737
突变：N93D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 37–584（548 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737
突变：N93D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 37–584（548 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737
突变：N93D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 37–584（548 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737
突变：N93D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.253

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COAT_PAVC2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–584； UniProt 1–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1c8d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1c8d
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1c8d
沉积日期 deposition_date2000-05-05
结构标题 titleCANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE
关键词 keywordsCapsid, canine parvovirus, strain D, empty capsid, A300D, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.78 Å
零角强度 I(0) i063581500.00
分子量 molecular_weight61602.0 kDa
排除体积 excluded_volume76680 ų
包络体积 envelope_volume108610 ų
水化壳体积 shell_volume32499 ų
包络直径 envelope_diameter110.6 Å
壳层 Rg shell_rg34.64 Å
包络 Rg envelope_rg29.28 Å
形状 Rg shape_rg28.74 Å
总 Rg total_rg29.52 Å
总原子数 total_atoms4353
残基数 n_residues548
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.9 Å
Rg (实空间) rg_real29.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real6.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal63580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8560
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.7 Å
偏度 Skewness skewness0.519
峰度 Kurtosis kurtosis0.106
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7027000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.937
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1c8da_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1c8dA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2
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8. 引用文献 (5)

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9. 文件与曲线 (10)