SAXSdb — 1c8o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ICE INHIBITOR

Cowpox virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–300 链 B； UniProt 301–341	片段：RESIDUES 1-300 突变：C93S,C102S,C124S,C223S,C269S,C298S 片段：RESIDUES 301-341 突变：C304S,C313S,C336S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；sodium/potassium phosphate 1.6M, pH 5.4, vapor diffusion/hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C8O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F0C STRUCTURE OF THE VIRAL SERPIN CRMA 提交 2000-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–305（305 aa）片段：RESIDUES 1-305 链 B 306–341（36 aa）片段：RESIDUES 306-341	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；296 K；0.1 M Na-Acetate, 15% PEG 4000, 0.1 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.26 Å R-free 0.272
1M93 1.65 A Structure of Cleaved Viral Serpin CRMA 提交 2002-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–55（55 aa）片段：RESIDUES 1-55 链 B 56–300（245 aa）片段：RESIDUES 56-300 链 C 301–341（41 aa）片段：RESIDUES 301-341	突变：C93S, C102S, C124S, C223S, C269S, C298S 突变：C304S, C313S, C336S	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium/potassium phosphate 1.6M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.245

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPI2_CWPXB
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 B； PDB构建体 1–41； UniProt 301–341

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c8o
沉积日期 deposition_date	2000-06-01
结构标题 title	2.9 A STRUCTURE OF CLEAVED VIRAL SERPIN CRMA
关键词 keywords	SERPIN FOLD, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.78 Å
零角强度 I(0) i0	21623500.00
分子量 molecular_weight	36104.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45355 Å³
包络体积 envelope_volume	51590 Å³
水化壳体积 shell_volume	21157 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.96 Å
包络 Rg envelope_rg	20.99 Å
形状 Rg shape_rg	20.78 Å
总 Rg total_rg	21.60 Å
总原子数 total_atoms	2546
残基数 n_residues	332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8182
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.354
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4884000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ICE INHIBITOR
分子量 formula_weight	33465.6 kDa
突变 mutation	C93S,C102S,C124S,C223S,C269S,C298S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2564

MDIFREIASSMKGENVFISPPSISSVLTILYYGANGSTAEQLSKYVEKEADKNKDDISFKSMNKVYGRYSAVFKDSFLRKIGDNFQTVDFTDSRTVDAINKSVDIFTEGKINPLLDEPLSPDTSLLAISAVYFKAKWLMPFEKEFTSDYPFYVSPTEMVDVSMMSMYGEAFNHASVKESFGNFSIIELPYVGDTSMVVILPDNIDGLESIEQNLTDTNFKKWSDSMDAMFIDVHIPKFKVTGSYNLVDALVKLGLTEVFGSTGDYSNMSNSDVSVDAMIHKTYIDVNEEYTEAAAATSAL

来源 Source

来源生物 organism	Cowpox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10243
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ICE INHIBITOR
分子量 formula_weight	4518.0 kDa
突变 mutation	C304S,C313S,C336S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VADSASTVTNEFSADHPFIYVIRHVDGKILFVGRYSSPTTN

来源 Source

来源生物 organism	Cowpox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10243
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1c8o.1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1c8oA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	1c8oA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.670 Å
晶胞边长 b length_b	93.150 Å
晶胞边长 c length_c	101.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	38.790 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2870

fit	/app/data/saxs_computation/c8/1c8o/1c8o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/1c8o/1c8o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/1c8o/1c8o.dat

2.9 A STRUCTURE OF CLEAVED VIRAL SERPIN CRMA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ICE INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)