SAXSdb — 1m93

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m93
沉积日期 deposition_date	2002-07-26
结构标题 title	1.65 A Structure of Cleaved Viral Serpin CRMA
关键词 keywords	SERPIN, CRMA, APOPTOSIS, ICE INHIBITOR, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.02 Å
零角强度 I(0) i0	21507300.00
分子量 molecular_weight	35918.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45117 Å³
包络体积 envelope_volume	51792 Å³
水化壳体积 shell_volume	21053 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.15 Å
包络 Rg envelope_rg	21.21 Å
形状 Rg shape_rg	21.02 Å
总 Rg total_rg	21.82 Å
总原子数 total_atoms	2529
残基数 n_residues	322
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7129
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4908000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.262; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.961

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine proteinase inhibitor 2
分子量 formula_weight	6079.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2720

MDIFREIASSMKGENVFISPPSISSVLTILYYGANGSTAEQLSKYVEKEADKNKD

来源 Source

来源生物 organism	Cowpox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10243
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Serine proteinase inhibitor 2
分子量 formula_weight	27403.8 kDa
突变 mutation	C93S, C102S, C124S, C223S, C269S, C298S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DISFKSMNKVYGRYSAVFKDSFLRKIGDNFQTVDFTDSRTVDAINKSVDIFTEGKINPLLDEPLSPDTSLLAISAVYFKAKWLMPFEKEFTSDYPFYVSPTEMVDVSMMSMYGEAFNHASVKESFGNFSIIELPYVGDTSMVVILPDNIDGLESIEQNLTDTNFKKWSDSMDAMFIDVHIPKFKVTGSYNLVDALVKLGLTEVFGSTGDYSNMSNSDVSVDAMIHKTYIDVNEEYTEAAAATSAL

来源 Source

来源生物 organism	Cowpox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10243
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Serine proteinase inhibitor 2
分子量 formula_weight	4518.0 kDa
突变 mutation	C304S, C313S, C336S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VADSASTVTNEFSADHPFIYVIRHVDGKILFVGRYSSPTTN

来源 Source

来源生物 organism	Cowpox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10243
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1m93.1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1m93A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	580 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1m93B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	1m93B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	49.520 Å
晶胞边长 b length_b	92.590 Å
晶胞边长 c length_c	100.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	31.540 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1881
R_free r_free	0.2454

fit	/app/data/saxs_computation/m9/1m93/1m93.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m9/1m93/1m93.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m9/1m93/1m93.dat

1.65 A Structure of Cleaved Viral Serpin CRMA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)