SAXSdb — 1c8p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 338–438	片段：DOMAIN 4	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.1；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06M；压力 AMBIENT NMR样品组成：0.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;90% H2O, 10% D2O NMR样品组成：0.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C8P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EGJ DOMAIN 4 OF THE BETA COMMON CHAIN IN COMPLEX WITH AN ANTIBODY 提交 2000-02-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 338–438（101 aa）片段：DOMAIN 4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；12% peg 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1GH7 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLETE EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE BETA-COMMON RECEPTOR OF IL-3, IL-5, AND GM-CSF 提交 2000-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–437（413 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 25–437（413 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	突变：N328Q 突变：N328Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG MME 5000, Phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.307
2NA8 Transmembrane Structure of the Cytokine Receptor Common Subunit beta 提交 2015-12-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 432–473（42 aa）片段：Helical transmembrane residues 432-473	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H] protein, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2NA9 Transmembrane Structure of the P441A Mutant of the Cytokine Receptor Common Subunit beta 提交 2015-12-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 432–473（42 aa）片段：Helical transmembrane residues 432-473	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H] protein, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
4NKQ Structure of a Cytokine Receptor Complex 提交 2013-11-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–438（414 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；100mM HEPES buffer (pH 7.0), 6%(v/v) PEG3350, 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.273
5DWU Beta common receptor in complex with a Fab 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–240（224 aa）链 B 241–443（203 aa）	突变：N106Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M Tris 8, 25% - 35% PEG200	分辨率 3.97 Å R-free 0.330
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–240（216 aa）链 B 241–438（198 aa）	突变：N346Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 25–240（216 aa）链 D 241–438（198 aa）	突变：N346Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278
8TLD Structure of the IL-5 Signaling Complex 提交 2023-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 23–442（420 aa）链 E 23–442（420 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL3RB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–102； UniProt 338–438

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c8p
沉积日期 deposition_date	1999-10-05
结构标题 title	NMR STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF THE COMMON BETA-CHAIN IN THE GM-CSF, IL-3 AND IL-5 RECEPTORS
关键词 keywords	BETA SANDWICH, CYTOKINE RECEPTOR, FN3 DOMAIN, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.30 Å
零角强度 I(0) i0	898748000.00
分子量 molecular_weight	242110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	297490 Å³
包络体积 envelope_volume	25816 Å³
水化壳体积 shell_volume	13846 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.67 Å
包络 Rg envelope_rg	16.50 Å
形状 Rg shape_rg	14.26 Å
总 Rg total_rg	14.55 Å
总原子数 total_atoms	33260
残基数 n_residues	2040
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.8 Å
Rg (实空间) rg_real	14.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	898700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7533
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	15.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.439
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	495700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.651; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1c8pa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d1c8pa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1c8pA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN
分子量 formula_weight	12122.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	33260

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

NMR STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF THE COMMON BETA-CHAIN IN THE GM-CSF, IL-3 AND IL-5 RECEPTORS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/c8/1c8p/1c8p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/1c8p/1c8p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/1c8p/1c8p.dat