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1ccw

STRUCTURE OF THE COENZYME B12 DEPENDENT ENZYME GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM COCHLEARIUM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE)

Clostridium cochlearium

UniProt P80078

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–137 链 C； UniProt 1–137 片段：B12-Binding Subunit PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE) × 2 （P80077） CNC CYANOCOBALAMIN × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 1.60 Å R-free 0.173

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CCW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B1A GLUTAMATE MUTASE (B12-BINDING SUBUNIT), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–137（137 aa） 片段：B12-BINDING SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；299 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM K2HPO4/KH2PO4；压力 ATMOSPHERIC
NMR样品组成 10% H2O/90% D2O
分辨率未提供
1CB7 GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM COCHLEARIUM RECONSTITUTED WITH METHYL-COBALAMIN 提交 1999-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–137（137 aa）
链 C 1–137（137 aa）
未记录 COB CO-METHYLCOBALAMIN × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1I9C GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM COCHLEARIUM: COMPLEX WITH ADENOSYLCOBALAMIN AND SUBSTRATE 提交 2001-03-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–137（137 aa）
链 C 1–137（137 aa）
未记录 B12 COBALAMIN × 2 5AD 5'-DEOXYADENOSINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 2AS (2S,3S)-3-methyl-aspartic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；PEG-4000, cadmium chloride, coenzyme B12, sodium glutamate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
6H9E Structure of glutamate mutase reconstituted with homo-coenzyme B12 提交 2018-08-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–137（137 aa）
链 C 1–137（137 aa）
未记录 B12 COBALAMIN × 2 FWK (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-ethyl-oxolane-3,4-diol × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；6% (w/v) PEG-4000, 0.1 M DL-tartrate, pH=4.5, 2 mM CdCl2
分辨率 1.82 Å R-free 0.168
6H9F Structure of glutamate mutase reconstituted with bishomo-coenzyme B12 提交 2018-08-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–137（137 aa）
链 C 1–137（137 aa）
未记录 B12 COBALAMIN × 2 8ZB (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-propyl-oxolane-3,4-diol × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；6% (w/v) PEG-4000, 0.1 M DL-tartrate, pH=4.5, 2 mM CdCl2
分辨率 2.10 Å R-free 0.203

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAMA_CLOCO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137 作者链 C； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137

PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE)

Clostridium cochlearium

UniProt P80077

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–483 链 D； UniProt 1–483 片段：E chain PROTEIN (GLUTAMATE MUTASE) × 2 （P80078） CNC CYANOCOBALAMIN × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 1.60 Å R-free 0.173

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CCW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CB7 GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM COCHLEARIUM RECONSTITUTED WITH METHYL-COBALAMIN 提交 1999-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–483（483 aa）
链 D 1–483（483 aa）
未记录 COB CO-METHYLCOBALAMIN × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1I9C GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM COCHLEARIUM: COMPLEX WITH ADENOSYLCOBALAMIN AND SUBSTRATE 提交 2001-03-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–483（483 aa）
链 D 1–483（483 aa）
未记录 B12 COBALAMIN × 2 5AD 5'-DEOXYADENOSINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 2AS (2S,3S)-3-methyl-aspartic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；PEG-4000, cadmium chloride, coenzyme B12, sodium glutamate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
6H9E Structure of glutamate mutase reconstituted with homo-coenzyme B12 提交 2018-08-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–483（483 aa）
链 D 1–483（483 aa）
未记录 B12 COBALAMIN × 2 FWK (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-ethyl-oxolane-3,4-diol × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；6% (w/v) PEG-4000, 0.1 M DL-tartrate, pH=4.5, 2 mM CdCl2
分辨率 1.82 Å R-free 0.168
6H9F Structure of glutamate mutase reconstituted with bishomo-coenzyme B12 提交 2018-08-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–483（483 aa）
链 D 1–483（483 aa）
未记录 B12 COBALAMIN × 2 8ZB (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-propyl-oxolane-3,4-diol × 2 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；6% (w/v) PEG-4000, 0.1 M DL-tartrate, pH=4.5, 2 mM CdCl2
分辨率 2.10 Å R-free 0.203

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLME_CLOCO
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483 作者链 D； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ccw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ccw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ccw
沉积日期 deposition_date1999-03-01
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE COENZYME B12 DEPENDENT ENZYME GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM COCHLEARIUM
关键词 keywordsGLUTAMATE MUTASE, COENZYME B12, RADICAL REACTION, TIM-BARREL, ROSSMAN-FOLD, isomerase; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.28 Å
零角强度 I(0) i0294011000.00
分子量 molecular_weight139730.0 kDa
排除体积 excluded_volume175400 ų
包络体积 envelope_volume204850 ų
水化壳体积 shell_volume49763 ų
包络直径 envelope_diameter109.3 Å
壳层 Rg shell_rg41.20 Å
包络 Rg envelope_rg33.47 Å
形状 Rg shape_rg33.29 Å
总 Rg total_rg33.80 Å
总原子数 total_atoms9812
残基数 n_residues1240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.6 Å
Rg (实空间) rg_real33.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal294000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9018
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.9 Å
偏度 Skewness skewness0.264
峰度 Kurtosis kurtosis-0.555
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha162300000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.940
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1ccwa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family familyc.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
结构域编号 domain_idd1ccwb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family familyc.1.19.2 — Glutamate mutase, large subunit
结构域编号 domain_idd1ccwc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family familyc.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
结构域编号 domain_idd1ccwd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family familyc.1.19.2 — Glutamate mutase, large subunit

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1ccwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily280 — Cobalamin-binding domain
结构域编号 domain_id1ccwB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily240 — Methylmalonyl-CoA mutase
结构域编号 domain_id1ccwB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology970 — Glutamate mutase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1ccwC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily280 — Cobalamin-binding domain
结构域编号 domain_id1ccwD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily240 — Methylmalonyl-CoA mutase
结构域编号 domain_id1ccwD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology970 — Glutamate mutase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)