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1cdd

STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYL-GLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE

Escherichia coli

UniProt P08179

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–212 链 B； UniProt 1–212 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–212 链 B； UniProt 1–212 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CDD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C2T NEW INSIGHTS INTO INHIBITOR DESIGN FROM THE CRYSTAL STRUCTURE AND NMR STUDIES OF E. COLI GAR TRANSFORMYLASE IN COMPLEX WITH BETA-GAR AND 10-FORMYL-5,8,10-TRIDEAZAFOLIC ACID. 提交 1999-07-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–212（212 aa）
链 B 1–212（212 aa）
未记录 NHS 10-FORMYL-5,8,10-TRIDEAZAFOLIC ACID × 2 GAR GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；295 K；PEG 3350, IMIDAZOLE MALATE, CALCIUM CHLORIDE, MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 22.0K, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1C3E NEW INSIGHTS INTO INHIBITOR DESIGN FROM THE CRYSTAL STRUCTURE AND NMR STUDIES OF E. COLI GAR TRANSFORMYLATE IN COMPLEX WITH BETA-GAR AND 10-FORMYL-5,8,10-TRIDEAZAFOLIC ACID. 提交 1999-07-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 未唯一映射 参考区间未声明
链 A 1–209（209 aa）
未记录 NHR 2-{4-[2-(2-AMINO-4-HYDROXY-QUINAZOLIN-6-YL)-1-CARBOXY-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID × 2 GAR GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；295 K；PEG 3350, Imidazole malate, calcium chloride, MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 22.0K
分辨率 2.10 Å R-free 0.263
1CDE STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE 提交 1992-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–212（212 aa）
未记录 GAR GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 DZF 5-DEAZAFOLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1CDE STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE 提交 1992-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–212（212 aa）
未记录 GAR GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 DZF 5-DEAZAFOLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1CDE STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE 提交 1992-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–212（212 aa）
未记录 GAR GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 DZF 5-DEAZAFOLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1CDE STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE 提交 1992-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–212（212 aa）
未记录 GAR GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 DZF 5-DEAZAFOLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1GAR TOWARDS STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN: CRYSTAL STRUCTURE OF A MULTISUBSTRATE ADDUCT COMPLEX OF GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE AT 1.96 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-12-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–212（212 aa）
链 B 1–212（212 aa）
未记录 U89 N-[4-[[3-(2,4-DIAMINO-1,6-DIHYDRO-6-OXO-4-PYRIMIDINYL)-PROPYL]-[2-((2-OXO-2-((4-PHOSPHORIBOXY)-BUTYL)-AMINO)-ETHYL)-THIO-ACETYL]-AMINO]BENZOYL]-1-GLUTAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å R-free 0.290
1GRC CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION: A TARGET ENZYME FOR CHEMOTHERAPY 提交 1992-07-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–212（212 aa）
链 B 1–212（212 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1JKX Unexpected formation of an epoxide-derived multisubstrate adduct inhibitor on the active site of GAR transformylase 提交 2001-07-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–212（212 aa） 片段：TRANSFERASE
链 B 1–212（212 aa） 片段：TRANSFERASE
未记录 138 N-[5'-O-PHOSPHONO-RIBOFURANOSYL]-2-[2-HYDROXY-2-[4-[GLUTAMIC ACID]-N-CARBONYLPHENYL]-3-[2-AMINO-4-HYDROXY-QUINAZOLIN-6-YL]-PROPANYLAMINO]-ACETAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；PEG 3350, CaCl2, MPD, imidazole malate, PH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.243
1JKX Unexpected formation of an epoxide-derived multisubstrate adduct inhibitor on the active site of GAR transformylase 提交 2001-07-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–212（212 aa） 片段：TRANSFERASE
链 D 1–212（212 aa） 片段：TRANSFERASE
未记录 138 N-[5'-O-PHOSPHONO-RIBOFURANOSYL]-2-[2-HYDROXY-2-[4-[GLUTAMIC ACID]-N-CARBONYLPHENYL]-3-[2-AMINO-4-HYDROXY-QUINAZOLIN-6-YL]-PROPANYLAMINO]-ACETAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；PEG 3350, CaCl2, MPD, imidazole malate, PH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.243
2GAR A PH-DEPENDENT STABLIZATION OF AN ACTIVE SITE LOOP OBSERVED FROM LOW AND HIGH PH CRYSTAL STRUCTURES OF MUTANT MONOMERIC GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE 提交 1998-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–212（212 aa）
突变：E70A PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；CRYSTAL GREW FROM A SOLUTION OF 2%(V/V) 15% (W/V) PEG 1500, PH 3.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.251
3GAR A PH-DEPENDENT STABLIZATION OF AN ACTIVE SITE LOOP OBSERVED FROM LOW AND HIGH PH CRYSTAL STRUCTURES OF MUTANT MONOMERIC GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE 提交 1998-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–212（212 aa）
突变：E70A PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；CRYSTAL GREW FROM A SOLUTION OF 2%(V/V) PEG 400. 2.0M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, PH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.274

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUR3_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 B； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cdd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cdd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cdd
沉积日期 deposition_date1992-05-15
结构标题 titleSTRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE
关键词 keywordsTRANSFERASE(FORMYL); TRANSFERASE(FORMYL)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.83 Å
零角强度 I(0) i029582700.00
分子量 molecular_weight41405.0 kDa
排除体积 excluded_volume51649 ų
包络体积 envelope_volume63105 ų
水化壳体积 shell_volume22690 ų
包络直径 envelope_diameter94.6 Å
壳层 Rg shell_rg30.50 Å
包络 Rg envelope_rg25.45 Å
形状 Rg shape_rg24.86 Å
总 Rg total_rg25.40 Å
总原子数 total_atoms2918
残基数 n_residues378
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.4 Å
Rg (实空间) rg_real25.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8122
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1 Å
偏度 Skewness skewness0.573
峰度 Kurtosis kurtosis-0.141
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4377000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.626; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.676; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cdda_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.65 — Formyltransferase
超家族 Superfamily superfamilyc.65.1 — Formyltransferase
家族 Family familyc.65.1.1 — Formyltransferase
结构域编号 domain_idd1cddb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.65 — Formyltransferase
超家族 Superfamily superfamilyc.65.1 — Formyltransferase
家族 Family familyc.65.1.1 — Formyltransferase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1cddA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170 — Formyl transferase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1cddB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170 — Formyl transferase, N-terminal domain
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)