SAXSdb — 1cf5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–272	未记录	;beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.1；pH 6.10	分辨率 2.55 Å R-free 0.278
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–272	未记录	;beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.1；pH 6.10	分辨率 2.55 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIP2_MOMBA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–249； UniProt 24–272 作者链 B； PDB构建体 1–249； UniProt 24–272

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cf5
沉积日期 deposition_date	1999-03-24
结构标题 title	BETA-MOMORCHARIN STRUCTURE AT 2.55 A
关键词 keywords	RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN, RNA N-GLYCOSIDASE ACTIVITY, GLYCOPROTEIN; RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.84 Å
零角强度 I(0) i0	49612500.00
分子量 molecular_weight	58226.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73914 Å³
包络体积 envelope_volume	95302 Å³
水化壳体积 shell_volume	25237 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.10 Å
包络 Rg envelope_rg	32.05 Å
形状 Rg shape_rg	32.83 Å
总 Rg total_rg	33.32 Å
总原子数 total_atoms	4120
残基数 n_residues	498
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7934
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.342
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.908
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.626; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.603; Smooth: 0.829

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)
分子量 formula_weight	28122.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4188

DVNFDLSTATAKTYTKFIEDFRATLPFSHKVYDIPLLYSTISDSRRFILLNLTSYAYETISVAIDVTNVYVVAYRTRDVSYFFKESPPEAYNILFKGTRKITLPYTGNYENLQTAAHKIRENIDLGLPALSSAITTLFYYNAQSAPSALLVLIQTTAEAARFKYIERHVAKYVATNFKPNLAIISLENQWSALSKQIFLAQNQGGKFRNPVDLIKPTGQRFQVTNVDSDVVKGNIKLLLNSRASTADEN

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1026.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	68

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1cf5a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d1cf5b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1cf5A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	1cf5A02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	1cf5B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	1cf5B02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	49.090 Å
晶胞边长 b length_b	50.580 Å
晶胞边长 c length_c	61.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	72.98 °
晶胞夹角 β angle_beta	78.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	76.97 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1720
R_work r_work	0.1720
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/cf/1cf5/1cf5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cf/1cf5/1cf5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cf/1cf5/1cf5.dat

BETA-MOMORCHARIN STRUCTURE AT 2.55 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction