1cit

DNA-BINDING MECHANISM OF THE MONOMERIC ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B)

Rattus norvegicus

UniProt P22829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 268–356 片段:DNA-BINDING DOMAIN AND C-TERMINAL EXTENSION ;DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;PROTEIN/DNA COMPLEX CRYSTALS WERE GROWN USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD AT 27 DEGREES CELSIUS. THE RESEVOIR CONTAINS 50 MM MORPHOLINO-SULFONIC ACID PH7.0, 250MM AMMONIUM CHLORIDE, 30 % PEG 4000, 5 MM DTT. THE DROPS CONTAINED A 1:1 RATIO OF PROTEIN-COMPLEX TO RESEVOIR. 分辨率 2.70 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR4A1_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–89; UniProt 268–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cit

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cit
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cit
沉积日期 deposition_date1999-04-05
结构标题 titleDNA-BINDING MECHANISM OF THE MONOMERIC ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B
关键词 keywords;ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR, EARLY IMMEDIATE RESPONSE GENE PRODUCT, TRANSCRIPTION FACTOR, MONOMERIC PROTEIN-DNA COMPLEX, MINOR GROOVE INTERACTIONS, PROTEIN/DNA, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.90
零角强度 I(0) i013231400.00
分子量 molecular_weight19896.0 kDa
排除体积 excluded_volume21718 ų
包络体积 envelope_volume27533 ų
水化壳体积 shell_volume14307 ų
包络直径 envelope_diameter63.2
壳层 Rg shell_rg22.12
包络 Rg envelope_rg17.26
形状 Rg shape_rg16.86
总 Rg total_rg17.66
总原子数 total_atoms1342
残基数 n_residues121
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.3
Rg (实空间) rg_real17.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.3230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13230000.0000
解质量估计 total_estimate0.8632
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.4
偏度 Skewness skewness0.398
峰度 Kurtosis kurtosis-0.163
角度范围 angular_range— – 0.4500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1210000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1cita_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamilyg.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family familyg.39.1.2 — Nuclear receptor

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1citA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)