1cjd

THE BACTERIOPHAGE PRD1 COAT PROTEIN, P3, IS STRUCTURALLY SIMILAR TO HUMAN ADENOVIRUS HEXON

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MAJOR CAPSID PROTEIN (P3))

Enterobacteria phage PRD1

UniProt P22535

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COA3_BPPRD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394 作者链 B; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394 作者链 C; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cjd
沉积日期 deposition_date1999-04-12
结构标题 titleTHE BACTERIOPHAGE PRD1 COAT PROTEIN, P3, IS STRUCTURALLY SIMILAR TO HUMAN ADENOVIRUS HEXON
关键词 keywordsBACTERIOPHAGE PRD1, COAT PROTEIN, JELLY ROLL, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1cjd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1cjd__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1cjd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.39 Å
Rg(电子密度)29.99 Å
总 Rg30.81 Å
原子数8502
残基数1108
排除体积150240 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1cjd__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1cjda1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.2 — Group II dsDNA viruses VP
家族 Family familyb.121.2.1 — Coat protein p3
结构域编号 domain_idd1cjda2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.2 — Group II dsDNA viruses VP
家族 Family familyb.121.2.1 — Coat protein p3
结构域编号 domain_idd1cjdb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.2 — Group II dsDNA viruses VP
家族 Family familyb.121.2.1 — Coat protein p3
结构域编号 domain_idd1cjdb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.2 — Group II dsDNA viruses VP
家族 Family familyb.121.2.1 — Coat protein p3
结构域编号 domain_idd1cjdc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.2 — Group II dsDNA viruses VP
家族 Family familyb.121.2.1 — Coat protein p3
结构域编号 domain_idd1cjdc2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.2 — Group II dsDNA viruses VP
家族 Family familyb.121.2.1 — Coat protein p3

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1cjdA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology9 — Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Viral coat protein p3
结构域编号 domain_id1cjdA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1cjdB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology9 — Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Viral coat protein p3
结构域编号 domain_id1cjdB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1cjdC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology9 — Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Viral coat protein p3
结构域编号 domain_id1cjdC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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7. 引用文献 (3)