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1ckr

HIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE HEAT SHOCK COGNATE-70 KD SUBSTRATE BINDING DOMAIN OBTAINED BY MULTIDIMENSIONAL NMR TECHNIQUES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 72.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAT SHOCK SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF HSC-70

Rattus norvegicus

UniProt P63018

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 385–542 片段：SUBSTRATE BINDING DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE；压力 1 NMR样品组成：1.5 MM 15N OR 15N,13C LABELED PROTEIN 5%D20/95%H2O AND 100%D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CKR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1UD0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL 10-kDA SUBDOMAIN OF HSC70 提交 2003-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 B 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.45 Å R-free 0.309
1UD0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL 10-kDA SUBDOMAIN OF HSC70 提交 2003-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 D 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.45 Å R-free 0.309
1UD0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL 10-kDA SUBDOMAIN OF HSC70 提交 2003-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 B 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 C 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 D 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.45 Å R-free 0.309
1UD0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL 10-kDA SUBDOMAIN OF HSC70 提交 2003-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 B 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 C 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
链 D 542–646（105 aa） 片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.45 Å R-free 0.309
7HSC HIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE HEAT SHOCK COGNATE-70 KD SUBSTRATE BINDING DOMAIN OBTAINED BY MULTIDIMENSIONAL NMR TECHNIQUES 提交 1999-05-03 构建体不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 385–543（159 aa） 片段：SUBSTRATE BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE；压力 1
NMR样品组成 1.5 MM 15N OR 15N,13C LABELED PROTEIN 5%D20/95%H2O AND 100%D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP7C_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 385–542

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ckr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ckr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ckr
沉积日期 deposition_date1999-04-22
结构标题 titleHIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE HEAT SHOCK COGNATE-70 KD SUBSTRATE BINDING DOMAIN OBTAINED BY MULTIDIMENSIONAL NMR TECHNIQUES
关键词 keywordsMOLECULAR CHAPERONE, HSP70, PEPTIDE BINDING, PROTEIN FOLDING, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.73 Å
零角强度 I(0) i01746280000.00
分子量 molecular_weight350680.0 kDa
排除体积 excluded_volume438070 ų
包络体积 envelope_volume47831 ų
水化壳体积 shell_volume19045 ų
包络直径 envelope_diameter78.0 Å
壳层 Rg shell_rg28.05 Å
包络 Rg envelope_rg24.67 Å
形状 Rg shape_rg16.73 Å
总 Rg total_rg16.90 Å
总原子数 total_atoms49640
残基数 n_residues3180
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.9 Å
Rg (实空间) rg_real17.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1746000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7024
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.2 Å
偏度 Skewness skewness0.740
峰度 Kurtosis kurtosis0.794
角度范围 angular_range— – 0.4700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha908800.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.279; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.301; Smooth: 0.990
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ckra_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.130 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.130.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
家族 Family familyb.130.1.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ckrA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)