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1cks

HUMAN CKSHS2 ATOMIC STRUCTURE: A ROLE FOR ITS HEXAMERIC ASSEMBLY IN CELL CYCLE CONTROL

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2

Homo sapiens

UniProt P33552

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–79 链 B； UniProt 1–79 链 C； UniProt 1–79 未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CKS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4Y72 Human CDK1/CyclinB1/CKS2 With Inhibitor 提交 2015-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC
链 C 1–79（79 aa） 片段：residues 165-433
未记录 LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；Conditions around 0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml
分辨率 2.30 Å R-free 0.252
4YC3 CDK1/CyclinB1/CKS2 Apo 提交 2015-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–79（79 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml
分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5HQ0 Ternary complex of human proteins CDK1, Cyclin B and CKS2, bound to an inhibitor 提交 2016-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–79（79 aa）
未记录 LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1 M MES pH6.7, 6.55 MPD, 5% PEG4K, 10% PEG 1K
分辨率 2.30 Å R-free 0.252
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–79（79 aa）
未记录 4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML
分辨率 2.06 Å R-free 0.254
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–79（79 aa）
未记录 4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML
分辨率 2.06 Å R-free 0.254
6GU2 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with Flavopiridol 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–79（79 aa）
未记录 F9Z 2-(2-chlorophenyl)-8-[(3~{R},4~{R})-1-methyl-3-oxidanyl-piperidin-4-yl]-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
6GU3 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–79（79 aa）
未记录 FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor
分辨率 2.65 Å R-free 0.258
6GU4 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with CGP74514A 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–79（79 aa）
未记录 FC8 ~{N}2-[(1~{R},2~{S})-2-azanylcyclohexyl]-~{N}6-(3-chlorophenyl)-9-ethyl-purine-2,6-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor
分辨率 2.73 Å R-free 0.253
6GU6 CDK1/Cks2 in complex with Dinaciclib 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–79（79 aa）
未记录 1QK 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M BIS-TRIS(PH6.5), 0.2M SODIUM NITRATE 20% PEG3350, PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5Mm INHIBITOR
分辨率 2.33 Å R-free 0.246
6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–79（79 aa）
未记录 FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
分辨率 2.75 Å R-free 0.274
6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–79（79 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
分辨率 2.75 Å R-free 0.274
6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–79（79 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
分辨率 2.75 Å R-free 0.274
6GU7 CDK1/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–79（79 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR
分辨率 2.75 Å R-free 0.274

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CKS2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–79； UniProt 1–79 作者链 B； PDB构建体 1–79； UniProt 1–79 作者链 C； PDB构建体 1–79； UniProt 1–79

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cks

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cks
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cks
沉积日期 deposition_date1993-09-16
结构标题 titleHUMAN CKSHS2 ATOMIC STRUCTURE: A ROLE FOR ITS HEXAMERIC ASSEMBLY IN CELL CYCLE CONTROL
关键词 keywordsCELL DIVISION; CELL DIVISION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.58 Å
零角强度 I(0) i015406200.00
分子量 molecular_weight28962.0 kDa
排除体积 excluded_volume36179 ų
包络体积 envelope_volume59098 ų
水化壳体积 shell_volume22661 ų
包络直径 envelope_diameter71.5 Å
壳层 Rg shell_rg28.65 Å
包络 Rg envelope_rg21.99 Å
形状 Rg shape_rg22.52 Å
总 Rg total_rg23.70 Å
总原子数 total_atoms2046
残基数 n_residues230
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.6 Å
Rg (实空间) rg_real23.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15410000.0000
解质量估计 total_estimate0.7434
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.3 Å
偏度 Skewness skewness0.003
峰度 Kurtosis kurtosis-0.659
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3140000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.963
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1cksa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamilyd.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family familyd.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins
结构域编号 domain_idd1cksb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamilyd.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family familyd.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins
结构域编号 domain_idd1cksc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamilyd.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family familyd.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1cksA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit
结构域编号 domain_id1cksB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit
结构域编号 domain_id1cksC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)