SAXSdb — 1ckv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PROTEIN B)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–141	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM PHOSPHATE NMR样品组成：4 MM PEFAPLOC	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CKV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GAM Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit 提交 2012-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–141（141 aa）链 I 1–141（141 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES and 15% PEG 20,000 (w/v) ure 298K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
4GAM Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit 提交 2012-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 N 1–141（141 aa）链 S 1–141（141 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES and 15% PEG 20,000 (w/v) ure 298K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.90 Å R-free 0.258

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMOB_METCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ckv
沉积日期 deposition_date	1999-04-25
结构标题 title	STRUCTURE OF THE SOLUBLE METHANE MONOOXYGENASE REGULATORY PROTEIN B
关键词 keywords	HYDROXYLASE REGULATORY PROTEIN; HYDROXYLASE REGULATORY PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.06 Å
零角强度 I(0) i0	713527000.00
分子量 molecular_weight	223620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	279530 Å³
包络体积 envelope_volume	127350 Å³
水化壳体积 shell_volume	34815 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.03 Å
包络 Rg envelope_rg	33.00 Å
形状 Rg shape_rg	20.99 Å
总 Rg total_rg	21.96 Å
总原子数 total_atoms	31066
残基数 n_residues	1974
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	713500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6671
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.8070
最高正则化参数 α highest_alpha	1090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.909; Stabil: 0.989; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ckva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.137 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein
超家族 Superfamily superfamily	d.137.1 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein
家族 Family family	d.137.1.1 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ckvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	56 — Phenol Hydroxylase P2 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Monooxygenase component MmoB/DmpM

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	PROTEIN (PROTEIN B)
分子量 formula_weight	15999.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	31066

fit	/app/data/saxs_computation/ck/1ckv/1ckv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ck/1ckv/1ckv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ck/1ckv/1ckv.dat

STRUCTURE OF THE SOLUBLE METHANE MONOOXYGENASE REGULATORY PROTEIN B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PROTEIN B)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)