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1clm

STRUCTURE OF PARAMECIUM TETRAURELIA CALMODULIN AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CALMODULIN

Paramecium tetraurelia

UniProt P07463

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–148 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CLM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EXR THE 1.0 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF CA+2 BOUND CALMODULIN 提交 2000-05-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–149（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；278 K；MPD, calcium chloride, sodium cacodylate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.00 Å R-free 0.163
1N0Y Crystal Structure of Pb-bound Calmodulin 提交 2002-10-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–148（148 aa）
未记录 PB LEAD (II) ION × 7 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；MPD, sodium cacodylate, sodium acetate, lead nitrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.223
1N0Y Crystal Structure of Pb-bound Calmodulin 提交 2002-10-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–148（148 aa）
未记录 PB LEAD (II) ION × 7 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；MPD, sodium cacodylate, sodium acetate, lead nitrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.223
1OSA CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT PARAMECIUM TETRAURELIA CALMODULIN AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-08-11 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–148（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.68 Å
2KXW Structure of the C-domain Fragment of apo Calmodulin Bound to the IQ motif of Nav1.2 提交 2010-05-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–149（73 aa） 片段：C-domain (UNP Residues 77-149)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of apo Calmodulin, 1.5 mM Voltage-dependent Sodium Channel v 1.2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.5 mM Voltage-dependent Sodium Channel v 1.2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of apo Calmodulin, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2M5E Structure of the C-domain of Calcium-saturated Calmodulin bound to the IQ motif of NaV1.2 提交 2013-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–149（73 aa） 片段：UNP residues 77-149
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of Calmodulin, 1.5 mM IQ motif peptide of NaV1.2, 3.3 mM CALCIUM ION, 10 mM [U-2H] imidazole, 100 mM potassium chloride, 0.01 % sodium azide, 50 uM [U-2H] EDTA, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of Calmodulin, 1.5 mM IQ motif peptide of NaV1.2, 3.3 mM CALCIUM ION, 10 mM [U-2H] imidazole, 100 mM potassium chloride, 0.01 % sodium azide, 50 uM [U-2H] EDTA, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
5E1K Selenomethionine Ca2+-Calmodulin from Paramecium tetraurelia SAD data 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–149（148 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；50 mM sodium cacodylate, 50% MPD
分辨率 1.00 Å R-free 0.165
5E1N Selenomethionine Ca2+-Calmodulin from Paramecium tetraurelia qFit disorder model 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–149（148 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；50 mM sodium cacodylate, 50% MPD
分辨率 1.00 Å R-free 0.150
5E1P Ca(2+)-Calmodulin from Paramecium tetraurelia qFit disorder model 提交 2015-09-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–149（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；50 mM sodium cacodylate, 50% MPD
分辨率 1.01 Å R-free 0.142

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_PARTE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1clm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1clm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1clm
沉积日期 deposition_date1993-01-23
结构标题 titleSTRUCTURE OF PARAMECIUM TETRAURELIA CALMODULIN AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsCALCIUM-BINDING PROTEIN; CALCIUM-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.03 Å
零角强度 I(0) i05264120.00
分子量 molecular_weight16334.0 kDa
排除体积 excluded_volume20063 ų
包络体积 envelope_volume27710 ų
水化壳体积 shell_volume11561 ų
包络直径 envelope_diameter70.8 Å
壳层 Rg shell_rg26.22 Å
包络 Rg envelope_rg21.26 Å
形状 Rg shape_rg22.03 Å
总 Rg total_rg22.63 Å
总原子数 total_atoms1136
残基数 n_residues144
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.1 Å
Rg (实空间) rg_real22.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real5.2640e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6360e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5264000.0000
解质量估计 total_estimate0.8270
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.3 Å
偏度 Skewness skewness0.275
峰度 Kurtosis kurtosis-0.932
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha302800.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.658; Smooth: 0.988
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1clma_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1clmA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1clmA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)