SAXSdb — 1cmx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–235 链 C； UniProt 1–235	片段：ALL	PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL) × 2 （P02248）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；16% PEG 6000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.4, pH 4.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CMX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7EN4 Multi-state structure determination and dynamics analysis elucidate a new ubiquitin-recognition mechanism of yeast ubiquitin C-terminal hydrolase. 提交 2021-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–236（236 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-50% 2H] ubiquitin hydrolase, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM [U-100% 15N] ubiquitin hydrolase, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM Ile/Leu/Val-methyl-selectively 1H/13C-labeled and Phe/Tyr/Trp-aromatic ring-selectively 1H-labeled ubiquitin hydrolase, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 C； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235

PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL)

物种未注明

UniProt P02248

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–75 链 D； UniProt 1–75	片段：ALL 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL) × 2 （P35127）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；16% PEG 6000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.4, pH 4.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CMX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GJZ Solution structure of a dimeric N-terminal fragment of human ubiquitin 提交 2001-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：RESIDUES 1-51 链 B 1–51（51 aa）片段：RESIDUES 1-51	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）800MM SODIUM SULPHATE；压力 1	分辨率未提供
1UD7 SOLUTION STRUCTURE OF THE DESIGNED HYDROPHOBIC CORE MUTANT OF UBIQUITIN, 1D7 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–116（76 aa）	突变：I3V,V5L,I13V,L15I,I23V,V26F,I67L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；303 K；压力 1	分辨率未提供
1UZX A complex of the Vps23 UEV with ubiquitin 提交 2004-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M MES PH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4	分辨率 1.85 Å R-free 0.274

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_HUMANX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–75 作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 1–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cmx
沉积日期 deposition_date	1999-05-12
结构标题 title	STRUCTURAL BASIS FOR THE SPECIFICITY OF UBIQUITIN C-TERMINAL HYDROLASES
关键词 keywords	UBIQUITIN HYDROLASE, UBIQUITIN, DEUBIQUITINATING ENZYME, CYSTEINE PROTEASE, ENZYME SPECIFICITY, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.78 Å
零角强度 I(0) i0	53234400.00
分子量 molecular_weight	57591.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72448 Å³
包络体积 envelope_volume	87488 Å³
水化壳体积 shell_volume	28798 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.65 Å
包络 Rg envelope_rg	25.98 Å
形状 Rg shape_rg	25.77 Å
总 Rg total_rg	26.55 Å
总原子数 total_atoms	4067
残基数 n_residues	515
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7012
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	86.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.370
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	18930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.199; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.952

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL)
分子量 formula_weight	26276.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.15
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4142

MSGENRAVVPIESNPEVFTNFAHKLGLKNEWAYFDIYSLTEPELLAFLPRPVKAIVLLFPINEDRKSSTSQQITSSYDVIWFKQSVKNACGLYAILHSLSNNQSLLEPGSDLDNFLKSQSDTSSSKNRFDDVTTDQFVLNVIKENVQTFSTGQSEAPEATADTNLHYITYVEENGGIFELDGRNLSGPLYLGKSDPTATDLIEQELVRVRVASYMENANEEDVLNFAMLGLGPNW

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL)
分子量 formula_weight	8560.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.15
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1cmxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.6 — Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase UCH-L

结构域编号 domain_id	d1cmxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d1cmxc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.6 — Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase UCH-L

结构域编号 domain_id	d1cmxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1cmxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	532 — Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

结构域编号 domain_id	1cmxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1cmxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	532 — Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	199.300 Å
晶胞边长 b length_b	199.300 Å
晶胞边长 c length_c	36.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2850

fit	/app/data/saxs_computation/cm/1cmx/1cmx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/1cmx/1cmx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/1cmx/1cmx.dat

STRUCTURAL BASIS FOR THE SPECIFICITY OF UBIQUITIN C-TERMINAL HYDROLASES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (UBIQUITIN YUH1-UBAL)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)