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1cof

YEAST COFILIN, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COFILIN

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03048

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–143 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 4000 SOLUTION., pH 7.2 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1COF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CFY YEAST COFILIN, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-11-26 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–143（143 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000 SOLUTION., pH 7.2
分辨率 2.30 Å
1CFY YEAST COFILIN, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-11-26 实验环境不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–143（143 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000 SOLUTION., pH 7.2
分辨率 2.30 Å
1QPV YEAST COFILIN 提交 1999-05-29 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–143（143 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；PEG 4000 , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
4KED Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-157p) 提交 2013-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–143（142 aa）
突变：R135D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG4000, 150mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
4KED Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-157p) 提交 2013-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–143（142 aa）
突变：R135D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG4000, 150mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
4KEE Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-158p) 提交 2013-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–143（142 aa）
突变：R80E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 4000, 150mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.45 Å R-free 0.175
4KEF Structure of Cofilin Mutant (cof1-159p) 提交 2013-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–143（142 aa）
突变：K82D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG4000, 150mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.10 Å R-free 0.144

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COFI_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–143； UniProt 1–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cof

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cof
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cof
沉积日期 deposition_date1996-11-26
结构标题 titleYEAST COFILIN, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM
关键词 keywordsACTIN-BINDING, CYTOSKELETON, ACTIN-BINDING PROTEIN; ACTIN-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.68 Å
零角强度 I(0) i04372540.00
分子量 molecular_weight15079.0 kDa
排除体积 excluded_volume18934 ų
包络体积 envelope_volume21261 ų
水化壳体积 shell_volume12565 ų
包络直径 envelope_diameter55.8 Å
壳层 Rg shell_rg20.24 Å
包络 Rg envelope_rg15.09 Å
形状 Rg shape_rg14.63 Å
总 Rg total_rg15.93 Å
总原子数 total_atoms1065
残基数 n_residues135
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.2 Å
Rg (实空间) rg_real16.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6330e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4373000.0000
解质量估计 total_estimate0.7673
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.6 Å
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis0.050
角度范围 angular_range— – 0.4900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha915800.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.658; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1cofa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.109 — Gelsolin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.109.1 — Actin depolymerizing proteins
家族 Family familyd.109.1.2 — Cofilin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1cofA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Severin
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)