1com

THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE

Bacillus subtilis

UniProt P19080

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PREPHENIC ACID × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PREPHENIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PREPHENIC ACID × 3 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PREPHENIC ACID × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHMU_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 C； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 D； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 E； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 F； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 G； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 H； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 I； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 J； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 K； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 L； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1com
沉积日期 deposition_date	1994-04-08
结构标题 title	THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION
关键词 keywords	CHORISMATE MUTASE; CHORISMATE MUTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1com__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1com__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1com__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.06 Å
Rg（电子密度）	18.87 Å
总 Rg	19.71 Å
原子数	3352
残基数	342
排除体积	49505 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1com__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1com__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1com__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1com__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHORISMATE MUTASE
分子量 formula_weight	14507.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	15125

MMIRGIRGATTVERDTEEEILQKTKQLLEKIIEENHTKPEDVVQMLLSATPDLHAVFPAKAVRELSGWQYVPVTCMQEMDVTGGLKKCIRVMMTVQTDVPQDQIRHVYLEKAVVLRPDLSLTKNTEL

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PREPHENIC ACID
分子量 formula_weight	226.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	503

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1coma_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1come_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1comk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d1coml_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1comA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	1comL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

▶

晶胞边长 a length_a	102.400 Å
晶胞边长 b length_b	68.300 Å
晶胞边长 c length_c	102.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	—

THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1com__assembly_4__model_1

1com__assembly_4__model_1 | I(q)

1com__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1com__assembly_4__model_1

1com__assembly_4__model_1 | I(q)

1com__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)