SAXSdb — 1cqt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POU DOMAIN, CLASS 2, TRANSCRIPTION FACTOR 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPTPAPTPGPCPAPAPAPTPAPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPCPTPTPAPTPTPTPGPCPAPTPAPC)-3') ; × 1 POU DOMAIN, CLASS 2, ASSOCIATING FACTOR 1 × 1 （Q16633）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPTPAPTPGPCPAPAPAPTPAPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPCPTPTPAPTPTPTPGPCPAPTPAPC)-3') ; × 1 POU DOMAIN, CLASS 2, ASSOCIATING FACTOR 1 × 1 （Q16633）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PO2F1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 277–439 作者链 B； PDB构建体 1–163； UniProt 277–439

POU DOMAIN, CLASS 2, ASSOCIATING FACTOR 1

Homo sapiens

UniProt Q16633

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPTPAPTPGPCPAPAPAPTPAPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPCPTPTPAPTPTPTPGPCPAPTPAPC)-3') ; × 1 POU DOMAIN, CLASS 2, TRANSCRIPTION FACTOR 1 × 1 （P14859）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPTPAPTPGPCPAPAPAPTPAPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPCPTPTPAPTPTPTPGPCPAPTPAPC)-3') ; × 1 POU DOMAIN, CLASS 2, TRANSCRIPTION FACTOR 1 × 1 （P14859）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OBF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–44； UniProt 1–44 作者链 J； PDB构建体 1–44； UniProt 1–44

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cqt
沉积日期 deposition_date	1999-08-11
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX CONTAINING AN OCA-B PEPTIDE, THE OCT-1 POU DOMAIN, AND AN OCTAMER ELEMENT
关键词 keywords	POU DOMAIN, PROTEIN-DNA COMPLEX, OCT1, OCA-B, PROTEIN-DNA INTERFACE, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1cqt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1cqt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1cqt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.06 Å
Rg（电子密度）	18.86 Å
总 Rg	19.56 Å
原子数	1849
残基数	186
排除体积	31135 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1cqt__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1cqt__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPTPAPTPGPCPAPAPAPTPAPAPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4657.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,O
原子数 atom_count	3649

TGTATGCAAATAAGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPCPTPTPAPTPTPTPGPCPAPTPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4519.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N,P

ACCTTATTTGCATAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	POU DOMAIN, CLASS 2, TRANSCRIPTION FACTOR 1
分子量 formula_weight	18758.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GSREEPSDLEELEQFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAENLSSDSSLSSPSALNSPGIEGLSRRRKKRTSIETNIRVALEKSFLENQKPTSEEITMIADQLNMEKEVIRVWFCNRRQKEKRINP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	POU DOMAIN, CLASS 2, ASSOCIATING FACTOR 1
分子量 formula_weight	4874.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MLWQKPTAPEQAPAPARPYQGVRVKEPVKELLRRKRGHASSGAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1cqta1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1cqta2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.1 — POU-specific domain

结构域编号 domain_id	d1cqtb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1cqtb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.1 — POU-specific domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1cqtA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1cqtA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1cqtB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1cqtB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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晶胞边长 a length_a	93.722 Å
晶胞边长 b length_b	93.722 Å
晶胞边长 c length_c	152.651 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2640
R_work r_work	0.2640
R_free r_free	0.3260

CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX CONTAINING AN OCA-B PEPTIDE, THE OCT-1 POU DOMAIN, AND AN OCTAMER ELEMENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POU DOMAIN, CLASS 2, TRANSCRIPTION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

POU DOMAIN, CLASS 2, ASSOCIATING FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cqt__assembly_1__model_1

1cqt__assembly_1__model_1 | I(q)

1cqt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX CONTAINING AN OCA-B PEPTIDE, THE OCT-1 POU DOMAIN, AND AN OCTAMER ELEMENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POU DOMAIN, CLASS 2, TRANSCRIPTION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

POU DOMAIN, CLASS 2, ASSOCIATING FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cqt__assembly_1__model_1

1cqt__assembly_1__model_1 | I(q)

1cqt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)