SAXSdb — 1csb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATHEPSIN B light chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 80–126 链 B； UniProt 129–333	未记录	EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.00 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 80–126 链 E； UniProt 129–333	未记录	EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CSB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）链 B 129–333（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 80–126（47 aa）链 D 129–333（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RECOMBINANT PROCATHEPSIN B AT 3.2 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 6000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES, PH 7.3	分辨率 3.20 Å R-free 0.252
2IPP Crystal Structure of the tetragonal form of human liver cathepsin B 提交 2006-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）片段：light chain, residues 80-126 链 B 129–333（205 aa）片段：heavy chain, residues 129-333	未记录	PYS 2-PYRIDINETHIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å
2PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 3.3 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 700 MM TRIS, PH 7.2	分辨率 3.30 Å R-free 0.269
3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–333（256 aa）	未记录	HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–333（256 aa）	未记录	HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	PO4 PHOSPHATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3CBK chagasin-cathepsin B 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.14M ammonium fluoride, 14% PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.67 Å R-free 0.242
3K9M Cathepsin B in complex with stefin A 提交 2009-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–333（254 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250
3K9M Cathepsin B in complex with stefin A 提交 2009-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 80–333（254 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250
3PBH REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.72；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, PH 5.72	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5MBL Cathepsin B in complex with DARPin 81 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–333（256 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；292 K；buffer: 50mM Tris/HCl, 300mM NaCl, 0.05% Tween-20 precipitant: 0.1M MES, 1.8M NH4SO4	分辨率 1.81 Å R-free 0.193
5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–333（256 aa）片段：UNP residues 78-333	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate 15% PEG6000	分辨率 2.76 Å R-free 0.281
5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 78–333（256 aa）片段：UNP residues 78-333	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate 15% PEG6000	分辨率 2.76 Å R-free 0.281
6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	未记录	C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；as published	分辨率 1.60 Å R-free 0.176
6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 79–333（255 aa）	未记录	C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；as published	分辨率 1.60 Å R-free 0.176
8B4T Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 7 提交 2022-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	P9F (2S)-2-[[(2S)-2-[(4-chloranylphenoxy)carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 20% PEG 2000 MME	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
8B5F Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 31 提交 2022-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	P9U (2S)-2-[[(2S)-2-[[3-chloranyl-4-[[3-phenyl-2-(phenylmethyl)propanoyl]amino]phenoxy]carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 30% PEG 5000 MME	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
8HE9 Crystal structure of CTSB in complex with K777 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	未记录	0IW Nalpha-[(4-methylpiperazin-1-yl)carbonyl]-N-[(3S)-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；17.1 % v/v Polyethylene glycol 600, 50 mM MES pH 5.6, 8.6 % w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.55 Å R-free 0.202
8HEI Crystal structure of CTSB in complex with E64d 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–333（257 aa）	未记录	E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.55 Å R-free 0.173
8HEN Crystal structure of CTSB in complex with 212-148 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–333（257 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 L4F 2-[4-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-1-[[(3~{S})-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]amino]propan-2-yl]carbamoyl]piperazin-1-yl]ethyl 4-carbamimidamidobenzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M NaAc pH 5.2, 28% w/v PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.232
9VA8 Crystal Structure of Human Cathepsin B with a L-peptide substrate 提交 2025-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–333（254 aa）	突变：S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
9XHR Crystal Structure of Human Cathepsin B with a D-peptide substrate 提交 2025-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M bicine, 20% PEG 10K	分辨率 1.50 Å R-free 0.170

共 20 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–47； UniProt 80–126 作者链 D； PDB构建体 1–47； UniProt 80–126 作者链 B； PDB构建体 1–205； UniProt 129–333 作者链 E； PDB构建体 1–205； UniProt 129–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1csb
沉积日期 deposition_date	1994-12-09
结构标题 title	Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors
关键词 keywords	PAPAIN-LIKE LYSOSOMAL DICARBOXY-PEPTIDASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.50 Å
零角强度 I(0) i0	55495000.00
分子量 molecular_weight	55972.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68681 Å³
包络体积 envelope_volume	84682 Å³
水化壳体积 shell_volume	24836 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.26 Å
包络 Rg envelope_rg	29.28 Å
形状 Rg shape_rg	29.48 Å
总 Rg total_rg	30.07 Å
总原子数 total_atoms	3928
残基数 n_residues	504
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5933
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.407
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.714
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.666; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.050; Positv: 1.000; Valcen: 0.707; Smooth: 0.853

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CATHEPSIN B light chain
分子量 formula_weight	5213.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	4470

LPASFDAREQWPQCPTIKEIRDQGSCGSCWAFGAVEAISDRICIHTN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CATHEPSIN B heavy chain
分子量 formula_weight	22437.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

VSVEVSAEDLLTCCGSMCGDGCNGGYPAEAWNFWTRKGLVSGGLYESHVGCRPYSIPPCEHHVNGSRPPCTGEGDTPKCSKICEPGYSPTYKQDKHYGYNSYSVSNSEKDIMAEIYKNGPVEGAFSVYSDFLLYKSGVYQHVTGEMMGGHAIRILGWGVENGTPYWLVANSWNTDWGDNGFFKILRGQDHCGIESEVVAGIPRTD

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline
分子量 formula_weight	372.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	542

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1csb.1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1csb.2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1csbA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1csbB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1csbD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1csbE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	86.510 Å
晶胞边长 b length_b	34.150 Å
晶胞边长 c length_c	85.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/cs/1csb/1csb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cs/1csb/1csb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cs/1csb/1csb.dat

Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATHEPSIN B light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)