SAXSdb — 1csb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATHEPSIN B light chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–47； UniProt 80–126 作者链 D； PDB构建体 1–47； UniProt 80–126 作者链 B； PDB构建体 1–205； UniProt 129–333 作者链 E； PDB构建体 1–205； UniProt 129–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1csb
沉积日期 deposition_date	1994-12-09
结构标题 title	Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors
关键词 keywords	PAPAIN-LIKE LYSOSOMAL DICARBOXY-PEPTIDASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1csb__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1csb__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1csb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.14 Å
Rg（电子密度）	17.12 Å
总 Rg	18.16 Å
原子数	1964
残基数	252
排除体积	34341 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1csb__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1csb__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CATHEPSIN B light chain
分子量 formula_weight	5213.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	4470

LPASFDAREQWPQCPTIKEIRDQGSCGSCWAFGAVEAISDRICIHTN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CATHEPSIN B heavy chain
分子量 formula_weight	22437.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

VSVEVSAEDLLTCCGSMCGDGCNGGYPAEAWNFWTRKGLVSGGLYESHVGCRPYSIPPCEHHVNGSRPPCTGEGDTPKCSKICEPGYSPTYKQDKHYGYNSYSVSNSEKDIMAEIYKNGPVEGAFSVYSDFLLYKSGVYQHVTGEMMGGHAIRILGWGVENGTPYWLVANSWNTDWGDNGFFKILRGQDHCGIESEVVAGIPRTD

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline
分子量 formula_weight	372.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	542

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1csb.1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1csb.2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1csbA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1csbB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1csbD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1csbE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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晶胞边长 a length_a	86.510 Å
晶胞边长 b length_b	34.150 Å
晶胞边长 c length_c	85.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	—

Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATHEPSIN B light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1csb__assembly_2__model_1

1csb__assembly_2__model_1 | I(q)

1csb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATHEPSIN B light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1csb__assembly_2__model_1

1csb__assembly_2__model_1 | I(q)

1csb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)