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1cuk

ESCHERICHIA COLI RUVA PROTEIN AT PH 4.9 AND ROOM TEMPERATURE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RUVA PROTEIN

Escherichia coli

UniProt P0A809

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–203 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CUK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BDX E. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA CARBONS AND PHOSPHATE ATOMS ONLY 提交 1998-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–203（203 aa）
链 B 1–203（203 aa）
链 C 1–203（203 aa）
链 D 1–203（203 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN/DNA COMPLEX WAS CRYSTALLISED FROM 0.85M SODIUM ACETATE BUFFERED WITH 100MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 6.00 Å
1C7Y E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX 提交 2000-04-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：36-meric
链 A 1–203（203 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；ammonium sulfate, sodium chloride, glycerol, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
1D8L E. COLI HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA NH2 REGION LACKING DOMAIN III 提交 1999-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–149（149 aa） 片段：NH2 REGION
链 B 1–149（149 aa） 片段：NH2 REGION
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60
分辨率 2.50 Å R-free 0.320
1HJP HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA FROM E. COLI 提交 1997-08-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–203（203 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.9；50MM CITRATE PH4.9 500MM NACL 10% GLYCEROL 3% PEG2000
分辨率 2.50 Å R-free 0.294

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUVA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cuk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cuk
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cuk
沉积日期 deposition_date1996-08-28
结构标题 titleESCHERICHIA COLI RUVA PROTEIN AT PH 4.9 AND ROOM TEMPERATURE
关键词 keywordsDNA REPAIR, SOS RESPONSE, DNA-BINDING, DNA RECOMBINATION, HELICASE; HELICASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.71 Å
零角强度 I(0) i06611950.00
分子量 molecular_weight19560.0 kDa
排除体积 excluded_volume24870 ų
包络体积 envelope_volume31105 ų
水化壳体积 shell_volume14836 ų
包络直径 envelope_diameter61.2 Å
壳层 Rg shell_rg23.58 Å
包络 Rg envelope_rg18.80 Å
形状 Rg shape_rg18.70 Å
总 Rg total_rg19.60 Å
总原子数 total_atoms1377
残基数 n_residues190
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.2 Å
Rg (实空间) rg_real19.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real6.6120e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8030e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6612000.0000
解质量估计 total_estimate0.9084
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.5 Å
偏度 Skewness skewness0.188
峰度 Kurtosis kurtosis-0.637
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1682000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.947
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1cuka1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family familya.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1cuka2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family familya.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain
结构域编号 domain_idd1cuka3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1cukA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1cukA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id1cukA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)