1cun

CRYSTAL STRUCTURE OF REPEATS 16 AND 17 OF CHICKEN BRAIN ALPHA SPECTRIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ALPHA SPECTRIN)

Gallus gallus

UniProt P07751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1771–1982 链 B; UniProt 1771–1982 链 C; UniProt 1771–1982 片段:REPEATS 16 AND 17 (RESIDUES 1771 TO 1982 PLUS AN N-TERMINAL MET) 突变:L1771V, G1827S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;1.99M AMMONIUM SULFATE, 0.12M NA, K TARTRATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTA2_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–213; UniProt 1771–1982 作者链 B; PDB构建体 2–213; UniProt 1771–1982 作者链 C; PDB构建体 2–213; UniProt 1771–1982

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cun

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cun
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cun
沉积日期 deposition_date1999-08-20
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF REPEATS 16 AND 17 OF CHICKEN BRAIN ALPHA SPECTRIN
关键词 keywordsTWO REPEATS OF SPECTRIN, ALPHA HELICAL LINKER REGION, 2 TANDEM 3-HELIX COILED- COILS, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.12
零角强度 I(0) i087121100.00
分子量 molecular_weight73000.0 kDa
排除体积 excluded_volume90455 ų
包络体积 envelope_volume141030 ų
水化壳体积 shell_volume30155 ų
包络直径 envelope_diameter133.7
壳层 Rg shell_rg43.85
包络 Rg envelope_rg40.24
形状 Rg shape_rg41.09
总 Rg total_rg41.40
总原子数 total_atoms5136
残基数 n_residues639
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.8
Rg (实空间) rg_real41.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44
I(0) (实空间) i0_real8.7120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal87110000.0000
解质量估计 total_estimate0.8316
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.6
偏度 Skewness skewness0.190
峰度 Kurtosis kurtosis-0.751
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3105000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1cuna1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat
结构域编号 domain_idd1cuna2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat
结构域编号 domain_idd1cunb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat
结构域编号 domain_idd1cunb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat
结构域编号 domain_idd1cunc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat
结构域编号 domain_idd1cunc2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1cunA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id1cunA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id1cunB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id1cunB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id1cunC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id1cunC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)