SAXSdb — 1cv8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STAPHOPAIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–174	未记录	ACT ACETATE ION × 2 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；5 M AMMONIUM ACETATE, 2MM DTT, 5MM E-64, 50 MM MES/TRIS BUFFER PH 6.0 5MM E-64	分辨率 1.75 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSPP_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cv8
沉积日期 deposition_date	1998-05-08
结构标题 title	STAPHOPAIN, CYSTEINE PROTEINASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS V8
关键词 keywords	CYSTEINE PROTEASE, THIOL PROTEASE, PAPAIN FAMILY; CYSTEINE PROTEASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.76 Å
零角强度 I(0) i0	8176550.00
分子量 molecular_weight	20110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24779 Å³
包络体积 envelope_volume	28165 Å³
水化壳体积 shell_volume	15062 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.72 Å
包络 Rg envelope_rg	16.17 Å
形状 Rg shape_rg	15.76 Å
总 Rg total_rg	16.76 Å
总原子数 total_atoms	1416
残基数 n_residues	173
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1770e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5490e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8177000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8629
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.210
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1989000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.958

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	STAPHOPAIN
分子量 formula_weight	19870.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1539

YNEQYVNKLENFKIRETQGNNGWCAGYTMSALLNATYNTNKYHAEAVMRFLHPNLQGQQFQFTGLTPREMIYFGQTQGRSPQLLNRMTTYNEVDNLTKNNKGIAILGSRVESRNGMHAGHAMAVVGNAKLNNGQEVIIIWNPWDNGFMTQDAKNNVIPVSNGDHYQWYSSIYGY

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE
分子量 formula_weight	360.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1cv8a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1cv8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.139 Å
晶胞边长 b length_b	61.139 Å
晶胞边长 c length_c	195.063 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/cv/1cv8/1cv8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cv/1cv8/1cv8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cv/1cv8/1cv8.dat

STAPHOPAIN, CYSTEINE PROTEINASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS V8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STAPHOPAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction