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1cx8

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ECTODOMAIN OF HUMAN TRANSFERRIN RECEPTOR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 227.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSFERRIN RECEPTOR PROTEIN

Homo sapiens

UniProt P02786

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 122–760 链 B； UniProt 122–760 片段：RESIDUES 122-760 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SM SAMARIUM (III) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；2.4 M KCl 10 mM KPi 1.5% PEG 20K, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K 分辨率 3.20 Å R-free 0.284
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 122–760 链 D； UniProt 122–760 片段：RESIDUES 122-760 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SM SAMARIUM (III) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；2.4 M KCl 10 mM KPi 1.5% PEG 20K, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K 分辨率 3.20 Å R-free 0.284
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 122–760 链 F； UniProt 122–760 片段：RESIDUES 122-760 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SM SAMARIUM (III) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；2.4 M KCl 10 mM KPi 1.5% PEG 20K, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K 分辨率 3.20 Å R-free 0.284
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 122–760 链 H； UniProt 122–760 片段：RESIDUES 122-760 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SM SAMARIUM (III) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；2.4 M KCl 10 mM KPi 1.5% PEG 20K, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K 分辨率 3.20 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CX8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11QC Human transferrin receptor ectodomain 提交 2026-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 122–760（639 aa）
链 B 122–760（639 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
11RN Complex of B19V VP1u RBD and human transferrin receptor ectodomain 提交 2026-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 122–758（637 aa）
链 B 122–758（637 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
1DE4 HEMOCHROMATOSIS PROTEIN HFE COMPLEXED WITH TRANSFERRIN RECEPTOR 提交 1999-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 121–760（640 aa） 片段：ECTODOMAIN
链 F 121–760（640 aa） 片段：ECTODOMAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 8000, TRIS, TRIMETHYLAMINE HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
1DE4 HEMOCHROMATOSIS PROTEIN HFE COMPLEXED WITH TRANSFERRIN RECEPTOR 提交 1999-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 121–760（640 aa） 片段：ECTODOMAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 8000, TRIS, TRIMETHYLAMINE HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
1SUV Structure of Human Transferrin Receptor-Transferrin Complex 提交 2004-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 122–760（639 aa）
链 B 122–760（639 aa）
未记录 CO3 CARBONATE ION × 4 FE FE (III) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 7.50 Å
2NSU Crystal structure of the ectodomain of human transferrin receptor fitted into a cryo-EM reconstruction of canine parvovirus and feline transferrin receptor complex 提交 2006-11-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 122–760（639 aa） 片段：THE ECTODOMAIN OF HUMAN TRANSFERRIN RECEPTOR
链 B 122–760（639 aa） 片段：THE ECTODOMAIN OF HUMAN TRANSFERRIN RECEPTOR
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 0.02M TRIS-HCL；pH 7.5；0.02M TRIS-HCL
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；PLUNGED IN LIQUID ETHANE
分辨率 27.00 Å
3KAS Machupo virus GP1 bound to human transferrin receptor 1 提交 2009-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 121–760（640 aa） 片段：residues 121-760
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 12 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；1.6 M sodium potassium phosphate, 150 mM NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.238
3S9L Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, cryocooled 2 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 120–760（641 aa） 片段：UNP residues 120-760
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 3.22 Å R-free 0.314
3S9L Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, cryocooled 2 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 120–760（641 aa） 片段：UNP residues 120-760
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 3.22 Å R-free 0.314
3S9M Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, cryocooled 1 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 120–760（641 aa） 片段：UNP residues 120-760
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 20% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 3.32 Å R-free 0.332
3S9M Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, cryocooled 1 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 120–760（641 aa） 片段：UNP residues 120-760
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 20% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 3.32 Å R-free 0.332
3S9N Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, room temperature 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 120–760（641 aa） 片段：UNP residues 120-760
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 3.25 Å R-free 0.289
3S9N Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, room temperature 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 120–760（641 aa） 片段：UNP residues 120-760
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 3.25 Å R-free 0.289
6D03 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; one molecule of parasite ligand. 提交 2018-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 121–760（640 aa）
链 B 121–760（640 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
6D04 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 1. 提交 2018-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 121–760（640 aa）
链 B 121–760（640 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
6D05 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 2. 提交 2018-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 121–760（640 aa）
链 B 121–760（640 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6GSR Single Particle Cryo-EM map of human Transferrin receptor 1 - H-Ferritin complex at 5.5 Angstrom resolution. 提交 2018-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric
链 Ab 121–760（640 aa）
链 Aq 121–760（640 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.50 Å
6H5I Single Particle Cryo-EM map of human Transferrin receptor 1 - H-Ferritin complex. 提交 2018-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric
链 Ab 121–760（640 aa）
链 Aq 121–760（640 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6OKD Crystal Structure of human transferrin receptor in complex with a cystine-dense peptide 提交 2019-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 121–760（640 aa） 片段：ligand binding domain
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEG 6000, Mes
分辨率 1.85 Å R-free 0.187
6OKD Crystal Structure of human transferrin receptor in complex with a cystine-dense peptide 提交 2019-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 121–760（640 aa） 片段：ligand binding domain
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEG 6000, Mes
分辨率 1.85 Å R-free 0.187
6W3H Brain delivery of therapeutic proteins using an Fc fragment blood-brain barrier transport vehicle in mice and monkeys 提交 2020-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 326–379（54 aa）
链 D 194–296（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297.15 K；20-25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH6.5, and 0.2M LiSO4
分辨率 3.38 Å R-free 0.318
6W3H Brain delivery of therapeutic proteins using an Fc fragment blood-brain barrier transport vehicle in mice and monkeys 提交 2020-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 326–379（54 aa）
链 C 194–296（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297.15 K；20-25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH6.5, and 0.2M LiSO4
分辨率 3.38 Å R-free 0.318
6WRV Crystal structure of computationally designed protein 3DS18 in complex with the human Transferrin receptor ectodomain 提交 2020-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 121–759（639 aa）
链 B 121–759（639 aa）
链 E 121–759（639 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.1M Sodium Malonate pH 7, 0.1M HEPES pH 7, 0.5% Jeffamine ED-2001 pH 7
分辨率 2.47 Å R-free 0.236
6WRW Crystal structure of computationally designed protein 2DS25.5 in complex with the human Transferrin receptor ectodomain 提交 2020-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 121–760（640 aa）
链 B 121–760（640 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M BICINE pH 8.5, 12% (w/v) monomethyl ether 550
分辨率 2.84 Å R-free 0.235
6WRX Crystal structure of computationally designed protein 2DS25.1 in complex with the human Transferrin receptor ectodomain 提交 2020-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 121–760（640 aa）
链 B 121–760（640 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 3.07 Å R-free 0.225
6Y76 AP01 - a redesigned transferrin receptor apical domain 提交 2020-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 197–378（182 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium fluoride and 20% v/v PEG 3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.275
6Y76 AP01 - a redesigned transferrin receptor apical domain 提交 2020-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 197–378（182 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium fluoride and 20% v/v PEG 3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.275
7ZQS Cryo-EM Structure of Human Transferrin Receptor 1 bound to DNA Aptamer 提交 2022-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–760（760 aa）
链 D 1–760（760 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
8P0Z AP01-S2.3 - a variant of a redesigned transferrin receptor apical domain 提交 2023-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 197–299（103 aa）
链 A 332–377（46 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 BO3 BORIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 6.8, 150 mM NaCl mixed with 100 mM MIB buffer, pH 7.5, and 24 % PEG in a ratio 1:2
分辨率 1.88 Å R-free 0.236
9GH7 Complex of human TfR1 with a potent bicyclic peptide 提交 2024-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 89–760（672 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 A1ILE 1-(3,5-diethanoyl-1,3,5-triazinan-1-yl)ethanone × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 12% (w/v) PEG 3350.
分辨率 2.08 Å R-free 0.235

共 23 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TFR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760 作者链 B； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760 作者链 C； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760 作者链 D； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760 作者链 E； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760 作者链 F； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760 作者链 G； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760 作者链 H； PDB构建体 1–639； UniProt 122–760

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cx8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cx8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cx8
沉积日期 deposition_date1999-08-28
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE ECTODOMAIN OF HUMAN TRANSFERRIN RECEPTOR
关键词 keywordsHUMAN TRANSFERRIN RECEPTOR, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier63.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.17 Å
零角强度 I(0) i04565360000.00
分子量 molecular_weight580680.0 kDa
排除体积 excluded_volume728770 ų
包络体积 envelope_volume992540 ų
水化壳体积 shell_volume128850 ų
包络直径 envelope_diameter212.7 Å
壳层 Rg shell_rg64.65 Å
包络 Rg envelope_rg62.62 Å
形状 Rg shape_rg63.12 Å
总 Rg total_rg63.38 Å
总原子数 total_atoms40808
残基数 n_residues5112
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax227.6 Å
Rg (实空间) rg_real63.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.14 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal62.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4562000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8600
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary63.7 Å
偏度 Skewness skewness0.376
峰度 Kurtosis kurtosis-0.483
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha639200000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.767; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.878
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_idd1cx8a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8a3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1cx8b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8b2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8b3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1cx8c1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8c2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8c3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1cx8d1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8d2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8d3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1cx8e1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8e2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8e3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1cx8f1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8f2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8f3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1cx8g1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8g2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8g3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1cx8h1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamilya.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family familya.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
结构域编号 domain_idd1cx8h2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.4 — PA domain
家族 Family familyc.8.4.1 — PA domain
结构域编号 domain_idd1cx8h3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.5 — FolH catalytic domain-like

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id1cx8A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8A03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id1cx8B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8B03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id1cx8C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8C03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id1cx8D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8D03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id1cx8E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8E02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8E03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id1cx8F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8F02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8F03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id1cx8G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8G02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8G03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id1cx8H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id1cx8H02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id1cx8H03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)