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1cz4

NMR STRUCTURE OF VAT-N: THE N-TERMINAL DOMAIN OF VAT (VCP-LIKE ATPASE OF THERMOPLASMA)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 60.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VCP-LIKE ATPASE

Thermoplasma acidophilum

UniProt O05209

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–183 片段：N-TERMINAL DOMAIN: M1 TO E183 FOLLOWED BY A DIGLYCINE SPACER 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT NMR测量条件：pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成：1.4 MM VAT-NU-15N,13C; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成：1.2 MM VAT-N U-15N; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CZ4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CZ5 NMR STRUCTURE OF VAT-N: THE N-TERMINAL DOMAIN OF VAT (VCP-LIKE ATPASE OF THERMOPLASMA) 提交 1999-09-01 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–183（183 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN: M1 TO E183 FOLLOWED BY A DIGLYCINE SPACER
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.4 MM VAT-N U-15N,13C; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O
NMR样品组成 1.2 MM VAT-N U-15N; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O
分辨率未提供
5G4F Structure of the ADP-bound VAT complex 提交 2016-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
链 B 1–726（726 aa）
链 C 1–726（726 aa）
链 D 1–726（726 aa）
链 E 1–726（726 aa）
链 P 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ADP；pH 7.5；50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ADP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING, DETAILS- SAMPLE HELD AT 4 DEGREES CELSIUS BEFORE FREEZING
分辨率 7.00 Å
5G4G Structure of the ATPgS-bound VAT complex 提交 2016-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 6–726（721 aa）
链 B 6–726（721 aa）
链 C 6–726（721 aa）
链 D 6–726（721 aa）
链 E 6–726（721 aa）
链 F 6–726（721 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ATPGS；pH 7.5；50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ATPGS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 7.80 Å
5VC7 VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1 提交 2017-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 C 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 D 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 E 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 F 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 G 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.90 Å
5VCA VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT)-Substrate bound conformation 提交 2017-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 M 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 N 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 O 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 P 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 Q 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
链 R 183–745（563 aa） 片段：UNP residues 183-745
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot for 4 seconds before plunging
分辨率 4.80 Å
7DBO DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum 提交 2020-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–91（91 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM citrate / phosphate pH5.0, 1.4M Ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.264
7DBO DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum 提交 2020-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–91（91 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM citrate / phosphate pH5.0, 1.4M Ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.264

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VAT_THEAC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cz4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cz4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cz4
沉积日期 deposition_date1999-09-01
结构标题 titleNMR STRUCTURE OF VAT-N: THE N-TERMINAL DOMAIN OF VAT (VCP-LIKE ATPASE OF THERMOPLASMA)
关键词 keywordsDOUBLE-PSI BETA-BARREL, BETA-CLAM, SUBSTRATE RECOGNITION DOMAIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.13 Å
零角强度 I(0) i08250190.00
分子量 molecular_weight20619.0 kDa
排除体积 excluded_volume25813 ų
包络体积 envelope_volume31564 ų
水化壳体积 shell_volume15696 ų
包络直径 envelope_diameter59.8 Å
壳层 Rg shell_rg22.88 Å
包络 Rg envelope_rg17.45 Å
形状 Rg shape_rg17.12 Å
总 Rg total_rg18.14 Å
总原子数 total_atoms2961
残基数 n_residues185
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.6 Å
Rg (实空间) rg_real18.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real8.2500e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8250000.0000
解质量估计 total_estimate0.8826
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.1 Å
偏度 Skewness skewness0.293
峰度 Kurtosis kurtosis-0.305
角度范围 angular_range— – 0.4350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2251000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cz4a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.52.2 — ADC-like
家族 Family familyb.52.2.3 — Cdc48 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1cz4a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.31 — Cdc48 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.31.1 — Cdc48 domain 2-like
家族 Family familyd.31.1.1 — Cdc48 domain 2-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1cz4A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1cz4A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology330 — Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)