1czp

ANABAENA PCC7119 [2FE-2S] FERREDOXIN IN THE REDUCED AND OXIXIZED STATE AT 1.17 A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FERREDOXIN I

物种未注明

UniProt P0A3C8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–99 未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;277 K;50 MM SODIUM SUCCINATE PH 5.5, 2.6 M AMMONIUM SULFATE, 1% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.17 Å R-free 0.184
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–99 未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;277 K;50 MM SODIUM SUCCINATE PH 5.5, 2.6 M AMMONIUM SULFATE, 1% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.17 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FER1_ANASO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–98; UniProt 2–99 作者链 B; PDB构建体 1–98; UniProt 2–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1czp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1czp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1czp
沉积日期 deposition_date1999-09-06
结构标题 titleANABAENA PCC7119 [2FE-2S] FERREDOXIN IN THE REDUCED AND OXIXIZED STATE AT 1.17 A
关键词 keywords[2FE-2S] PROTEIN, CRYSTAL REDUCED WITH DITHIONITE, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.11
零角强度 I(0) i09541520.00
分子量 molecular_weight21717.0 kDa
排除体积 excluded_volume26481 ų
包络体积 envelope_volume31316 ų
水化壳体积 shell_volume14130 ų
包络直径 envelope_diameter66.2
壳层 Rg shell_rg24.39
包络 Rg envelope_rg20.11
形状 Rg shape_rg20.14
总 Rg total_rg20.65
总原子数 total_atoms1508
残基数 n_residues196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.0
Rg (实空间) rg_real20.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real9.5420e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9541000.0000
解质量估计 total_estimate0.8424
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.4
偏度 Skewness skewness0.439
峰度 Kurtosis kurtosis-0.593
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2217000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1czpa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related
结构域编号 domain_idd1czpb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1czpA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
结构域编号 domain_id1czpB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)