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1d0h

THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH N-ACETYL-GALACTOSAMINE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TETANUS TOXIN HC)

Clostridium tetani

UniProt P04958

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 872–1315 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN 突变：ADDITION OF THE SEQUENCE MGHGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHML AT THE N-TERMINAL RESIDUE 872 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.00 分辨率 2.10 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D0H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A8D TETANUS TOXIN C FRAGMENT 提交 1998-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 864–1314（451 aa） 片段：C-FRAGMENT
突变：INS(M1) AU GOLD ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 fiber seeding using cryshed initial crystals as seeds；pH 7；9% (W/V) 1M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 6.0, AND 92% OF A 10% (W/V) SOLUTION OF PEG 6000 IN 50MM HEPES (PH 7.0). LARGE CRYSTALS (0.2 X 0.2 X 0.5 MM) WERE GROWN BY FIBER SEEDING, USING CRUSHED INITIAL CRYSTALS AS SEEDS., fiber seeding using cryshed initial crystals as seeds
分辨率 1.57 Å R-free 0.262
1AF9 TETANUS NEUROTOXIN C FRAGMENT 提交 1997-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 864–1314（451 aa） 片段：C FRAGMENT
突变：MET INSERTED AT N-TERMINUS 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；CRYSTALLIZATION DROP CONTAINED 3 PARTS RESERVOIR SOLUTION AND 1 PART PROTEIN SOLUTION. RESERVOIR: 14%- 18% PEG 4000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.05M MGCL2 AT PH 6.5. PROTEIN SOLUTION: 10MG/ML PROTEIN AND 0.01M TRIS-HCL AT PH 7.8.
分辨率 2.70 Å R-free 0.245
1DFQ THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH SIALIC ACID 提交 1999-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 871–1314（444 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
未记录 SLB N-acetyl-beta-neuraminic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；IMIDAZOLE, SODIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULFATE, PEG4000, 2-METHYL-2,4-PENTANE-DIOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.313
1DIW THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH GALACTOSE 提交 1999-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 874–1314（441 aa）
未记录 GAL beta-D-galactopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；IMIDAZOLE, SODIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULPHATE, PEG4000, 2-METHYL-2,4-PENTANE- DIOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1DLL The HC fragement of tetanus toxin complexed with lactose 提交 1999-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 874–1314（441 aa） 片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT HC
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；imidazole, sodium chloride, ammonium sulphate, PEG4000, 2-methyl-2,4-pentane-diol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.267
1FV2 The Hc fragment of tetanus toxin complexed with an analogue of its ganglioside receptor GT1B 提交 2000-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 864–1314（451 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CEQ ETHYL-TRIMETHYL-SILANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% Polyethylene glycol 8000, sodium-potassium phosphate, TRIS, imidazole, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1FV3 THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH AN ANALOGUE OF ITS GANGLIOSIDE RECEPTOR GT1B 提交 2000-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 864–1314（451 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
未记录 CEQ ETHYL-TRIMETHYL-SILANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；20% Polyethylene glycol 8000, sodium-potassium phosphate, TRIS, imidazole, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.306
1FV3 THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH AN ANALOGUE OF ITS GANGLIOSIDE RECEPTOR GT1B 提交 2000-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 864–1314（451 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
未记录 CEQ ETHYL-TRIMETHYL-SILANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；20% Polyethylene glycol 8000, sodium-potassium phosphate, TRIS, imidazole, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.306
1YVG Structural analysis of the catalytic domain of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–457（457 aa） 片段：chain L
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 4000, magnesium chloride, hepes buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
1YVG Structural analysis of the catalytic domain of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–457（457 aa） 片段：chain L
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 4000, magnesium chloride, hepes buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
1YXW A common binding site for disialyllactose and a tri-peptide in the C-fragment of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 874–1314（441 aa）
未记录 TYR TYROSINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, imidazol, MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1YYN A common binding site for disialyllactose and a tri-peptide in the C-fragment of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 874–1314（441 aa） 片段：residues 875-1315
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, imidazol, MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.288
1Z7H 2.3 Angstrom crystal structure of tetanus neurotoxin light chain 提交 2005-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–442（443 aa）
突变：I361V ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 3350, MAGNESIUM NITRATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 2.30 Å R-free 0.216
3HMY Crystal structure of HCR/T complexed with GT2 提交 2009-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 866–1315（450 aa） 片段：Receptor binding domain (UNP residues 866-1315)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Bis-Tis propane buffer pH 7.0, 25% PEG2K and 300 mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3HN1 Crystal structure of HCR/T complexed with GT2 and lactose 提交 2009-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 866–1315（450 aa） 片段：Receptor binding domain (UNP residues 866-1315)
未记录 GLA alpha-D-galactopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Bis-Tris propane, PEG2K and ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.10 Å R-free 0.257
4J1L Mutant Endotoxin TeNT 提交 2013-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–427（426 aa） 片段：UNP residues 2-427
突变：K168E, L230I ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
5N0B Crystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GD1a 提交 2017-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1315（1315 aa）
突变：R372A, Y375F ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% v/v polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
5N0C Crystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GM1a 提交 2017-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1315（1315 aa）
突变：R372A, Y375F ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% v/v polyethylene glycol 6000, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M sodium chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.253
5N0C Crystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GM1a 提交 2017-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–1315（1315 aa）
突变：R372A, Y375F ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% v/v polyethylene glycol 6000, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M sodium chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.253
7BXX Tetanus neurotoxin translocation domain -C467S 提交 2020-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 459–864（406 aa）
突变：C467S 未记录非水小分子 实验方法未声明
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；0.225M MES/Bis-Tris pH 6.6, 6.6% PEG6000
分辨率 2.34 Å R-free 0.253
7BXX Tetanus neurotoxin translocation domain -C467S 提交 2020-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 459–864（406 aa）
突变：C467S 未记录非水小分子 实验方法未声明
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；0.225M MES/Bis-Tris pH 6.6, 6.6% PEG6000
分辨率 2.34 Å R-free 0.253
7BY4 Tetanus neurotoxin receptor binding domain 提交 2020-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 865–1315（451 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1 M Pottasium chloride 22.5% PEG 4000
分辨率 1.50 Å R-free 0.163
7BY5 Tetanus neurotoxin mutant-(H233A/E234Q/H237A/Y375F) 提交 2020-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–1315（1314 aa）
突变：H233A,E234Q,H237A,Y375F EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MOPS pH 7.0, 9% PEG 8000
分辨率 2.27 Å R-free 0.233
9FYQ Cryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, gangliosides and Pro-Macrobody 5 提交 2024-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 875–1315（441 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 6UZ omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside × 1 A1IHM (2~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},6~{S})-6-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[2-(octadecanoylamino)-3-oxidanyl-octadec-4-enoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-3-azanyl-6-carboxy-4-oxidanyl-oxan-2-yl]-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-5-azanyl-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{S})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid × 1 A1IHN (2~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{S})-5-acetamido-2-carboxy-4-oxidanyl-6-[(1~{S},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxan-2-yl]oxy-6-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[2-(docosanoylamino)-3-oxidanyl-octadec-4-enoxy]-2-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-3-(2-oxidanylidenepropyl)oxan-4-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-4-yl]oxy-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM Hepes-NaOH 7.5, 150 mM NaCl, 3 mM maltose, 0.03 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside, 0.006% cholesterol hemisuccinate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9FYR Cryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam 提交 2024-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 875–1315（441 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 6UZ omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside × 1 UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM Hepes-NaOH 7.5, 150 mM NaCl, 3 mM maltose, 0.03 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside, 0.006% cholesterol hemisuccinate, 250 uM Levetiracetam
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 21 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TETX_CLOTE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 26–469； UniProt 872–1315

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d0h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d0h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d0h
沉积日期 deposition_date1999-09-10
结构标题 titleTHE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH N-ACETYL-GALACTOSAMINE
关键词 keywordsBETA TREFOIL, JELLY-ROLL, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.61 Å
零角强度 I(0) i041866600.00
分子量 molecular_weight50944.0 kDa
排除体积 excluded_volume64104 ų
包络体积 envelope_volume75828 ų
水化壳体积 shell_volume26274 ų
包络直径 envelope_diameter86.3 Å
壳层 Rg shell_rg31.26 Å
包络 Rg envelope_rg24.79 Å
形状 Rg shape_rg24.56 Å
总 Rg total_rg25.54 Å
总原子数 total_atoms3598
残基数 n_residues441
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.2 Å
Rg (实空间) rg_real25.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal41870000.0000
解质量估计 total_estimate0.8768
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.5 Å
偏度 Skewness skewness0.437
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.3100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7474000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.925
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1d0ha1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain
结构域编号 domain_idd1d0ha2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.4 — STI-like
家族 Family familyb.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1d0hA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id1d0hA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)