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1d0m

THE ESCHERICHIA COLI LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 IN COMPLEX WITH BULGECIN A AND (GLCNAC)2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE

Escherichia coli

UniProt P41052

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 40–361 突变：L40M, L41V 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 BLG 4-O-(4-O-SULFONYL-N-ACETYLGLUCOSAMININYL)-5-METHYLHYDROXY-L-PROLINE-TAURINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；BICINE-NAOH, ISOPROPANOL, PEG20K, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.47 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D0M Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D0K THE ESCHERICHIA COLI LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 IN COMPLEX WITH TWO MURODIPEPTIDES (GLCNAC-MURNAC-L-ALA-D-GLU) 提交 1999-09-12 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–361（322 aa）
突变：L40M, L41V CA CALCIUM ION × 1 ALA ALANINE × 2 DGL D-GLUTAMIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；BICINE-NAOH, ISOPROPANOL, PEG20K, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.02 Å R-free 0.202
1D0L THE ESCHERICHIA COLI LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 IN COMPLEX WITH BULGECIN A 提交 1999-09-12 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–361（322 aa）
突变：L40M, L41V CA CALCIUM ION × 1 BLG 4-O-(4-O-SULFONYL-N-ACETYLGLUCOSAMININYL)-5-METHYLHYDROXY-L-PROLINE-TAURINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；BICINE-NAOH, ISOPRAPANOL, PEG20K, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.97 Å R-free 0.200
1LTM ACCELERATED X-RAY STRUCTURE ELUCIDATION OF A 36 KDA MURAMIDASE/TRANSGLYCOSYLASE USING WARP 提交 1997-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 42–361（320 aa） 片段：SOLUBLE ACTIVE DOMAIN OF MLTB
未记录 NA SODIUM ION × 1 BCN BICINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；ROD-SHAPED CRYSTALS WERE GROWN AT 295 K IN 1 DAY TO 1 WEEK BY EQUILIBRATING A HANGING DROP, THAT CONSISTED OF 3 UL OF PROTEIN SOLUTION AND 3 UL OF RESERVOIR SOLUTION OF 100 MM BICINE-NAOH, PH 7.8-8.5 AND 0-6% PEG 20K., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
1QDR 2.1 A RESOLUTION STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 提交 1999-07-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–361（322 aa） 片段：SLT35
突变：L40M, L41V NA SODIUM ION × 1 BCN BICINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；PEG 20K, BICINE-NAOH, ISOPROPANOL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.210
1QDT 2.1 A RESOLUTION STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI LYTIC TRANSGLYCOYSLASE SLT35 IN COMPLEX WITH CALCIUM 提交 1999-07-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–361（322 aa） 片段：SLT35
突变：L40M, L41V CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；PEG 20K, BICINE-NAOH, ISOPROPANOL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.206
1QUS 1.7 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1999-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–361（322 aa） 片段：SLT35
突变：L40M, L41V NA SODIUM ION × 1 BCN BICINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；BICINE-NAOH, PEG 20K, ISOPROPANOL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
1QUT THE SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH N-ACETYLGLUCOSAMINE 提交 1999-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–361（322 aa） 片段：SLT35
突变：L40M, L41V NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；BICINE-NAOH, PEG 20K, ISOPROPANOL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.44 Å R-free 0.256

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLTB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–322； UniProt 40–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d0m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d0m
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d0m
沉积日期 deposition_date1999-09-12
结构标题 titleTHE ESCHERICHIA COLI LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 IN COMPLEX WITH BULGECIN A AND (GLCNAC)2
关键词 keywordsALPHA-HELICAL PROTEIN WITH A FIVE STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-SHEET, GLYCOSYL TRANSFERASE, EF-HAND, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.87 Å
零角强度 I(0) i022797000.00
分子量 molecular_weight36037.0 kDa
排除体积 excluded_volume44851 ų
包络体积 envelope_volume53044 ų
水化壳体积 shell_volume20980 ų
包络直径 envelope_diameter82.2 Å
壳层 Rg shell_rg27.89 Å
包络 Rg envelope_rg22.39 Å
形状 Rg shape_rg21.86 Å
总 Rg total_rg22.67 Å
总原子数 total_atoms2541
残基数 n_residues312
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.1 Å
Rg (实空间) rg_real22.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8444
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6 Å
偏度 Skewness skewness0.481
峰度 Kurtosis kurtosis-0.120
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5275000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.698; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1d0ma_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.6 — Bacterial muramidase, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1d0mA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Bacterial muramidase
结构域编号 domain_id1d0mA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)