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1d1k

MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.7 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B

Phage h30

UniProt P08027

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–89 链 B； UniProt 21–89 链 C； UniProt 21–89 链 D； UniProt 21–89 链 E； UniProt 21–89 片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN 突变：D17E,W34A alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.4 M K,NA TARTRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 2.00 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D1K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BOS SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR 提交 1998-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 B 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 C 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 D 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 E 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
未记录 GAL beta-D-galactopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.226
1BOS SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR 提交 1998-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 G 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 H 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 I 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 J 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
未记录 GAL beta-D-galactopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.226
1BOS SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR 提交 1998-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 L 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 M 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 N 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 O 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
未记录 GAL beta-D-galactopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.226
1BOS SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR 提交 1998-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 P 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 Q 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 R 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 S 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 T 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
未记录 GAL beta-D-galactopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.226
1C4Q MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (F30A/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 B 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 C 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 D 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 E 21–89（69 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A 突变：F30A, W34A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.52 Å R-free 0.194
1CQF THE COMPLEX OF THE MUTATED SHIGA TOXIN B SUBUNIT AND GB3 TRISACCHARIDE 提交 1999-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 21–89（69 aa） 片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN
链 B 21–89（69 aa） 片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN
链 C 21–89（69 aa） 片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN
链 D 21–89（69 aa） 片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN
链 E 21–89（69 aa） 片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN
突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M CaCl2, 26% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.200
1D1I MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE 提交 1999-09-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 21–89（69 aa） 片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN
链 B 21–89（69 aa） 片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN
链 C 21–89（69 aa） 片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN
链 D 21–89（69 aa） 片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN
链 E 21–89（69 aa） 片段：SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN
突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10% (NH4)2SO4, 5% propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SLTB_BPH30
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d1k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d1k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d1k
沉积日期 deposition_date1999-09-17
结构标题 titleMUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE
关键词 keywordsTOXIN, RECEPTOR BINDING, PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION, OB-FOLD; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.47 Å
零角强度 I(0) i028763200.00
分子量 molecular_weight40475.0 kDa
排除体积 excluded_volume50296 ų
包络体积 envelope_volume57629 ų
水化壳体积 shell_volume22412 ų
包络直径 envelope_diameter67.4 Å
壳层 Rg shell_rg28.08 Å
包络 Rg envelope_rg21.27 Å
形状 Rg shape_rg21.42 Å
总 Rg total_rg22.39 Å
总原子数 total_atoms2830
残基数 n_residues345
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.7 Å
Rg (实空间) rg_real22.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28760000.0000
解质量估计 total_estimate0.9149
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.8 Å
偏度 Skewness skewness0.114
峰度 Kurtosis kurtosis-0.612
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7417000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.974; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.970
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1d1ka_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1kb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1kc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1kd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1ke_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1d1kA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id1d1kB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id1d1kC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id1d1kD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id1d1kE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)